Bonjour,

Après avoir obtenu un rapport taxonomique très variable, nous avons trouvé le fond du problème.

Notre séquence codante est présente sur l'ensemble de notre fragment, mais grâce à un alignement multiple avec des présumés homologues nous avons remarqué que nous ne possédons ni le début ni la fin de notre présumée protéine codante.

D'après nos homologues la taille de notre protéine serait de 700 acides aminés or nous n'en avons que 300.
Que devons-nous faire pour pallier ce problème car il est difficile de faire la phylogénie et alignement multiple sans cette partie.

Bonsoir,

Vous ne pouvez pas faire plus en ce qui concerne la longueur de votre séquence car vous ne disposez pas de séquences complètes.
C'est une difficulté inhérente aux analyses de séquences issues de projets de métagénomiques.

Bonne continuation,

Céline Brochier