Tythan
22 Mar 2014 16:27
Contribution non évaluée |
Bonjour,
J'aurais une question à vous poser concernant le choix du groupe d'étude et du groupe externe.
J'obtiens un rapport taxonomique suivant :
[high GC Gram] 446, 233-74 un très grand nombre
[GNS bacteria] 239 2 protéines
[b-proteobacteria] 234-211 11 protéines
[d-proteobacteria] 233-188 8 protéines
[bacteria] 228-80 13 protéines
[g-proteobacteria] 229-67 50 protéines
[CFB group bacteria] ...
[euryarchaeotes] 233-102 (15 protéines)
Avec cette sortie, j'ai réfléchi à deux stratégies :
- soit je prends le groupe [high GC Gram] comme groupe d'étude et je pioche des individus dans les autres groupes pour former le groupe externe.
- Soit alors je choisis les bactéries comme groupe d'étude (en prenant les meilleurs de chaque groupe taxonomique associé à des bactéries) et je prends les eucaryotes comme groupe externe.
J'aurais donc besoin de savoir laquelle de ces deux stratégies est la meilleure pour choisir mes groupes. |
C_Brochier_13
23 Mar 2014 9:30
Maître de jeu |
Bonjour,
La question que vous devez vous poser est la suivante: est-ce que sur la base des evalues il est possible de distinguer nettement les différents taxa.
Par exemple, si on se place dans le cas où vous faites l'hypothèse que les actinobacteria sont le groupe d'étude et que vous considérer une séquence associée à une evalue de 220, est-ce que vous pouvez dire sans trop vous tromper qu'il s'agit d'une actinobacteria, d'une bactérie autre? Sous -entendu est ce que les gammes de evalue associées au groupe d'étude et groupe externe sont très chevauchantes ou plutôt disjointes?
Si elles sont très chevauchante alors l'hypothèse de travail n'est pas la bonne.
Vous devez appliquer le même raisonnement pour l'hypothèse de travail 2.
Attention cependant, vous avez des séquences eucaryotes associées à des scores faibles faibles. Vous confondez eucaryotes et euryarchaeota.
Par ailleurs dans le cas où vous avec un groupe d'étude = bacteria, le groupe extérieur devient automatiquement eucaryotes + archées (sauf si l'un des groupes n'est pas représenté et sauf si il s'agit de séquences mitochondriales ou chloroplastiques).
Très bonne fin de weekend
Céline Brochier
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