bonsoir monsieur , on voudrait savoir comment faire l'alignement multiple entre notre sequence initiale et les sequences de nos groupes d'etudes ,
merci de votre reponse

Bonjour,

Il faut prendre vos séquences (votre d'intérêt + séquences du groupe d'étude + séquences du groupe extérieur) au format fasta.
Copiez-les dans un éditeur de texte.
Changez les identifiants comme expliqué en TD (identifiants uniques, moins de 10 caractères sans compter le >, du style première lettre du nom de genre suivit des lettres du nom de l'espèce, ex. >Ecoli ou >Ecoli1 si vous avez plusieurs séquences d'Escherichia coli)
Allez sur le lien infobiogen (miroir) cherchez clustalw (au niveau des liens alignement multiples)
Copiez/collez les séquences dans le cadre prévu à cet effet (ne rien mettre dans le cadre 2)
Précisez les options: type de séquences à aligner (nucléotidiques ou protéiques) et format de sortie (clustal pour avoir l'alignement multiple au bon format; phylip pour lancer les analyses phylogénétiques par la suite).

Cordialement,

Céline Brochier