Bonjour madame,

je n'arrive pas à determiner un seuil qui separe les sequences homologues des sequences non homologues.
mon e-value varie de 10^-133 à 9.7. mais je n'observe pas de saut brutale.
à partir d'une evalue= 0.059 les fonctions changent puisque ce ne sont plus des facteur d'elongation de la traduction mais des facteurs d'initiation.
comme 0.059 reste une e-value grande , je ne sais pas si le seuil est avant ou pas.

merci.

Bonjour,

Pour évaluer votre score seuil, prendre en compte les fonctions des protéines similaires est un bon début mais cela ne suffit pas. Il faut aussi prendre en compte les autres informations qui vous sont données au niveau des alignements 2 à 2 tels que : le score, la similarité, le nombre de gaps, la longueur de l'alignement, la longueur de la protéine subject, la cohérence avec vos extrémités 5' et 3' (par exemple si votre séquence est complète en 5', est ce que les séquences subjects commencent bien au même endroit que la votre) et la présence/absence de motifs conservés dans plusieurs alignements successifs.

Je vous souhaite bonne chance,

Raphaël