Bonjour.

Lorsque j'entre mes séquences ainsi que mon orf dans phylogenie, je rencontre un problème au niveau de la curation. Il n'apparaît aucun résultat mais deux messages d'erreur que voici : Warning: unable to output checkbox panel! ainsi que :Warning: Gblocks returned the following warnings:
GBlocks did not find any relevant alignment site and the workflow has been stopped.
This usually means the alignment is not reliable.If you believe it is, you can either try again your phylogeny workflow without GBlocks or with less stringent GBlocks parameters. If you believe the alignment found is bad, you can try to improve it either by yourself using alignment editors or with another alignment program.

Le logiciel me dirait donc qu'il est impossible de relier les alignements entre eux mais je me doute que non. Que puis-je donc faire pour obtenir ma curation.

Merci par avance.

Bonjour,

Le message "GBlocks did not find any relevant alignment site and the workflow has been stopped" veut dire que votre alignement n'est pas suffisamment bon pour que GBlocks trouve des positions susceptibles de contenir l'information nécessaire pour inférer un arbre phylogénétique. Il n'y a malheureusement pas d'information sur votre formulaire à propos de votre alignement multiple. Avez-vous un bon alignement multiple? (avant curation). J'ai vu dans les commentaires de votre correction que vous aviez une séquence plus courte, l'avez-vous enlevée ? En effet, les séquences courtes génèrent des gaps dans l'alignement multiple ; or, il faut savoir qu'aucune position contenant un ou des gaps ne sera conservée.

Bonne continuation,

Raphaël

Le problème est que notre séquence la plus courte est notre propre orf et bien entendu nous ne pouvons l'enlever.
J'ai supprimé 5 autres séquences (les plus courtes) ainsi que la case "do not allow many contiguous nonconserved positions" sans aucun succès avec le même message d'erreur.
Les séquences converties en fasta se trouvent dans le bloc note si c'est ça que vous n'avez pas trouvé la dernière fois.