Bonjour,
On n'arrive pas à déterminer le groupe externe du groupe d'étude car les scores pour les planctomycetes varient de 245 à 144, les scores pour le groupe des verrucomicrobia vont de 197 à 103 (on ne trouve pas de Chlamidiae qui appartiennent au même groupe des PVC).
Pour les protéobacteries, les scores vont de 181 à 88; pour les CFB, les scores vont de 174 à 88. Pour les eucaryotes, on obtient des scores de 134 à 88.
D'après le BLAST les scores vont jusqu'à 47 cependant quand je demande la taxonomie report avec 5000 séquences la page ne charge pas (même avec plusieurs tentatives à toutes heures de la journée) je n'ai donc que 1000 résultats.

comment doit on faire?
Quels groupes d'étude et externe doit on prendre?

Merci

Bonjour,

En regardant votre lineage report, on peut voire qu'effectivement les scores des planctomycetes sont plus élevés que pour les autres groupes de bactéries, mais il s'agit en fait de seulement deux protéines (scores de 245 et 236), les autres scores des planctomycètes sont similaires aux scores des autres groupes de bactéries (inférieurs à 200).

Dans ce genre de cas, où l'on est pas sûr de ce que l'on doit faire, il est plus prudent de faire un premier arbre en prenant un groupe d'étude plus large (ici les bactéries) et si notre hypothèse (la séquence fait partie des planctomycètes) se vérifie, alors on fait un second arbre.
Si vous ne pouvez obtenir un lineage report pour 5000 séquences, faites en plusieurs de 1000 séquences en ciblant les organismes contre lesquels vous lancez le BLAST. Par exemple, dans le premier arbre votre groupe extérieur est composé d'eucaryotes et d'archées. Vous pouvez utiliser l'option du BLAST pour aligner votre séquence uniquement sur les eucaryotes. Comme ça vous pourrez choisir vos séquences d'eucaryotes pour votre groupe extérieur.

Bonne continuation

Raphaël