Bonjour,

Lorsque je tente de faire la curation de ma séquence  avec G-block, j'obtiens ce message :

Warning: Gblocks returned the following warnings:
GBlocks did not find any relevant alignment site and the workflow has been stopped.
This usually means the alignment is not reliable.If you believe it is, you can either try again your phylogeny workflow without GBlocks or with less stringent GBlocks parameters. If you believe the alignment found is bad, you can try to improve it either by yourself using alignment editors or with another alignment program.


J'ai essayé alors de baisser les parametres de restrictions ( seulement le 1er et le 3e, car vous nous avez dit de pas cocher le 2e), mais j'obtiens toujours rien..
En revanche, je n'ai pas de probleme pour l'alignement.
Que dois je faire?
La curation est elle possible?

Ma séquence Query est homologue à des séquences métagénomiques d'origine taxonomique inconnue.

Bonne journée

Ici Gblocks vous dit que votre alignement est de trop mauvaise qualité pour qu'il puisse trouver des positions valables pour une reconstruction phylogénétique. Ce résultat signifie généralement que l'on a des séquences non-homologues dans notre jeu de données.

Cependant, lorsque l'on va voire votre séquence, vous décrivez des positions conservées trouvées par Gblocks pour votre séquence (GOS_3192010.28) :
"Les résultats montrent que l'on obtient cinq Blocks retenus pour la construction d'un arbre phylogénétique. Ces blocks se trouvent aux positions [38  64]  [67  100]  [114  146]  [246  257]  [263  287]. Ceux-ci couvrent donc la totalité de notre séquence Query s'étendant de la position 27 à 290 de l'alignement. "

J'avoue ne pas comprendre.

Raphaël

En fait, les textes tapé dans mon alignement multiple (résultat brut et analyse des résultats) sont issus d'un copier/coller de mes autres séquences ( celles que j'ai faite avec mon groupe), et me servent de modèle. J'avais oublié de le préciser.. Elles n'ont aucun rapport avec ma séquence (GOS_3192010.28). Cependant javais compris le message de G-blocks, mais étant donné que ma séquence query est homologue à des séquences métagénomiques d'origine taxonomique inconnue, et que j'en ai peu, je ne sais pas quoi faire..
Dois je enlever des séquences (les moins bonnes) pour pouvoir faire la curation? Cependant je ferais la curation et donc l'arbre avec seulement 10 séquences