Bonjour,  
nous avons un souci avec les arbres phylogénétiques.
D'abord, on a fait 2 arbres (NJ et parcimonie) où:
- notre ORF était encadré par des séquences d'alphaprotéobactéries
- la taxonomie n'était pas respectée car les différents types de protéo (gamma, delta, beta, alpha)
étaient dispersés
A noter: nous avions choisi comme groupe d'étude les protéobacteries et comme groupe extérieur les bactéries
High GC Gram+.
Nous avons donc refait deux nouveaux arbres en incluant dans le groupe extérieur des séquences du groupe taxonomique des Bacteria.
C'est à dire: des CFB group Bacteria, des planctomycetes et une cyanobactérie.
Problèmes:
- la taxonomie n'est toujours pas respectée puisque les différents groupes sont éclatés
- notre ORF est encadré par des alphaproteo dans l'arbre NJ et est isolé avec une séquence de
betaproteo dans l'arbre parcimonie.

Que faire? Que conclure? Doit on refaire un arbre en prenant comme groupe d'étude les alphaprotéo
seulement et comme groupe ext toutes les autres protéo?
Merci de votre aide!

Vous devez travailler sur l'arbre le plus complet (à condition que toutes les séquences soient homologues).
Vous n'avez pas le droit d'élaguer l'arbre pour le faire « coller » à la taxonmie. Le fait que les groupes soient mélangés vous indique que l’histoire évolutive du gène est différente de celles des organismes. Et donc il se passe quelque chose de particulier pour votre gène.
Qu’est-ce qui peut faire que la phylogénie des organismes et celle d’un gène porté par ces organismes soient différentes ?

Si en plus la distribution taxonomique à l’intérieur des groupes bactériens vous semble parcellaire (i.e. homologues présents chez quelques gamma ; quelques alpha, quelques actino…) cela peut renforcer cette hypothèse.

Céline Brochier