lopez_falce
27 Apr 2012 17:50
Contribution non évaluée |
Bonjour,
si l'on regarde le taxonomie report après un BLAST contre nr avec 1000 alignements, il n'y a que des gama protéobactéries et seulement 2 beta protéobactéries, rien d'autre. Que faire pour l'analyse phylogénétique (on ne peut pas définir un groupe externe avec 2 bactéries) ?
Merci
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C_Brochier_12
29 Apr 2012 19:14
Maître de jeu |
Bonsoir,
Bien que la définition du groupe d'étude et du groupe extérieur soit assez simple dans votre cas. Effectuez un blast à 5000 pour avoir une meilleure visibilité.
Cependant n'oubliez pas que si vos résultats le permettent vous pouvez aller beaucoup dans des niveaux de détails plus fins que le phylum pour votre affiliation taxonomique.
Par exemple, certains de vos camarades ont pu descendre au niveau des ordres ou des familles.
Regardez si ce n'est pas votre cas, avant d'aller plus loin.
Bonne continuation,
Céline Brochier |