Bonjour,
nous n'avions pas mis les résultats du BLAST contre nr dans la permière version envoyée mais seulement celui contre swissprot, dans ce cas les derniers alignements obtenus (sur 500 alignements) ont des scores trop bas pour être des homologues, et on observe un saut dans la gamme des scores et des e-value qui pour nous correspond au seuil d'homologie.
Si nous faisons le BLAST contre nr, même en choisissant 5000 alignements max, les scores les plus faibles sont très élevés (supérieurs à 100 et e-value de l'ordre de E-32) et bien au dessus de ce que nous avions considéré comme un score seuil pour l'homologie.
Que devons-nous faire ? Augmenter encore le nombre d'alignements max ? Et sinon comment faire l'analyse phylogénétique ?
Ces questions se posent pour nos deux séquences étudiées.
Merci

Bonsoir,

Comme expliqué en TP, au delà de 1000 homologues récupérés, si vous pouvez définir un groupe d'étude et un groupe extérieur vous n'avez pas besoin de refaire une recherche pour demander plus d'homologues.

Bonne continuation

Céline Brochier