slt
on rencontre un problème dans le choix de notre valeur seuil. on a de trop petite  e-value et des scores élévés. et par rapport à ça , on ne souhaite pas choisir de valeur seuil de peur de passer a coté des homologues vu que on remarque des fortes homologies pour toute les séquences. néanmoins on expliquera dans l'analyse des résutalts pourquoi on ne choisi pas de valeur seuil. on voulait savoir si la valeur seuil était obligatoire même lorsque l'on observe des fortes homologie entre la protéine putative et les séquence protéique de banques?(sachant qu'on n'a pas un très qu'on à 100 séquences homologues)
merci d'avance

Bonjour,
Je n'ai malheureusement pas tout compris...
"sachant qu'on n'a pas un très qu'on à 100 séquences homologues" ???
==> Vous parlez de quel BlastP ? vs nr ? ou vs swissprot ?
- 1)BLASTp contre NR/Max targert sequences :5000 ==> OUI, il faut définir le seuil entre seq homologues et non homologues
- 2) blast p contre swissprot ==> Vous devez aussi définir le seuil entre seq homologues et non homologues (dans ce cas, il ne sert qu'à la description de votre blast). Dans votre cas, il semble évident à définir, vous avez un saut, associé à un changement de fonction des seq similaires.

Précisez mieux votre question, si cela ne répond pas à vos interrogations.

Bon travail,

Bénédicte