Bonjour.
Les resultats de notre BLAST nous donne que des scores très très élevés (469 à 279) et des e-values très faibles
(8e-128 à 1e-73), c'est dire, même si cest peu significatif que des traits rouges. Tous les organismes apparaissant
dans notre lineage repport sont des  sont des alpha proteobactria, sauf un seul qui est un e-proteobacteria.
Est-il plus judicieux de générer un alignelent multiple avec comme groupe exterieur cet e-proteo, alors qu'il est
seul, ou bien d'inferer un arbre non raciné?
Merci de votre reponse.

Bonjour,
Ceci vous indique que les 100 meilleurs résultats (si vous avez laissé les paramètres du blast par défaut) sont obtenus pour des séquences d'alpha. Cela indique aussi qu'il existe très probablement dans la banque de nombreux autres homologues.
Avez-vous essayé de faire un blast en demandant plus de résultats (par défaut ces résultats sont = 100)?
Pour pouvoir le faire, au moment de remplir le formulaire du blast, cliquez sur le lien 'algorithm parameters' et fixez le nombre de résultats à 500 ou même 1000.

Céline Brochier