Bonjour,

Notre premiere sequence proteique semble d'appartenir a un transferase. Comme au cours d'evolution ces proteines sont probablement apparus tot, il est normal qu'on observe des homologues tres lointains (score petit, e-val haut). Donc selon moi je ne peux pas fixer un limite d'homologie.

Par exemple, on trouve beaucoup des alignements avec la famille "glycosyl transferase, family 39". La qualité des ces alignements varie entre (e-val 10^-29 et e-val 6.3). Selon ma comprehension, si je condiere la premiere comme homologue, la derniere en est aussi, meme si son e-val est haut. De plus meme celui de e-val=6.5 contient des zones tres bien conservés (ex: [W Y DHPP+VGW+] et [AL GL LG A LSKY +V+]), ces zones sont plutot similaires dans tous les proteines de "glycosyl transferase, family 39".(zones actifs)

On trouve aussi beaucoup des bons alignements parmi les:
"Putative 4-amino-4-deoxy-L-arabinose transferase and related glycosyltransferase of PMT family"
Il y a de nouveau un distribution tout au long de l'echelle des e-val, jusqu'a la valeur seuil (fixé à 10).


Alors soit je fais un choix totalement arbitraire et exclus un bon partie des homologues, soit je considere tous les sequences. Pour on choix arbitraire je ne peux pas voir une jusitfication biologique. Considerer tous les sequences peut etre justifié par le fait que seulement certaines regions sont essentiels et la reste a pu diverger(longtemps). Cependant ceci risque d'inclure beaucoup des sequences de bruit.

Est-ce possible de choisir d'inclure tous les alignements ou c'est quand meme neccessaire qu'on trouve(invente) une limite?

Merci d'avance,

Ardi Tampuu
(camardi)

Bonjour,

Il est difficile de répondre à votre question sans voir les résultats bruts du blast. Pourriez-vous les inclure? et ensuite je pourrai vous répondre.

Je profite de ce message pour vous signaler que ce que vous avez copier/coller en guise de taxonomy report ne convient pas. Il faut copier/coller la partie supérieure de ce qui figure dans la page web.

Bonne continuation

Céline Brochier

je viens d'ajouter les resultats bruts de BLAST, aussi bien que modifier guise taxonomie

Merci d'avance,

Ardi

Si vous pensez (et vous avez probablement raison) que les alignements associés à des scores faibles et des e-values hautes correspondent bien à des homologues alors, il n'y a aucune raison pour les exclure.
Vous devez donc en tenir compte quand vous aller choisir votre groupe d'étude et votre groupe extérieur.

Si vous voulez faire une vérification supplémentaire, vous pouvez récupérer les séquences associées aux plus mauvais score et e-value, et faire une recherche dans interpro. Si vous détectez les même domaines fonctionnel, cela pourra vous conforter dans votre hypothèse qu'il s'agit bien d'homologues.

Bon après-midi

Céline Brochier