Bonjour,

Après une recherche infructueuse avec les Blastp nous sommes passé aux blastX et nous avons trouvé un très grand nombre d'homologue. Cependant lors de l'analyse nous avons remarqué qu'il y a avait sur notre séquence 2 type d’homologues des homosérine kinases et des 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase.
Il me semble possible qu'une séquence regroupe deux "type" de protéine différentes mais comment gérer cela dans l'étude ?
Faut-il se concentrer sur le type de protéine qui match avec le plus de nucléotide ?

Merci pour vos réponses,
Team Nanais

Bonjour,

Vous êtes effectivement dans un cas un peu particulier mais qui n'est pas si rare que cela.
Vous aviez deux ORF de grande taille lorsque que vous avez réalisé votre recherche avec ORF finder. Un sur le brin direct et un sur le brin indirect. Vous avez choisi d'analyser l'ORF situé sur le brin direct car c'était le plus long.

Si vous regardez bien la sortie de votre blast X, vous remarquerez que vous trouvez des alignements significatifs entre votre séquence d'ADN génomique des protéines, mais que cet alignement se fait à partir du brin indirect. Cela signifie donc que l'ORF détecté par ORF finder sur le brin indirect codait réellement pour une protéine, alors que l'ORF du brin direct (que vous avez analysé) ne code pas pour une protéine. C'est donc un faux positif. Un faux positif de grande taille, mais un faux positif quand même.

Bonne continuation

Céline Brochier

Bonjour,

Compte tenu du fait que nous avons détecté un faux-positif, nous avons décidé de refaire l'étude à partir du nouveau plus grand ORF, cependant faut-il les premiers résultats qui nous ont permis de détecter l'erreur d'ORF ?

Bonne journée (ensoleillée)

Team Nanais

Bonjour,\r\n\r\nCompte tenu du fait que nous avons détecté un faux-positif, nous avons décidé de refaire l\'étude à partir du nouveau plus grand ORF, cependant faut-il les premiers résultats qui nous ont permis de détecter l\'erreur d\'ORF ?\r\n\r\nBonne journée (ensoleillée)\r\n\r\nTeam Nanais

Vous pouvez vous lancer, mais ce n'est pas une obligation. Vous pouvez vous contenter de mentionner vos observations et de faire quelques commentaires sur le second ORF le plus long.

Par contre si vous êtes motivés pour le faire, ne vous gênez pas, mais gardez quand même trace de vos premières analyses sur le faux positif.

Quoiqu'il en soit, cet exemple vous démontre que même si la probabilité d'observer des ORF non codant de grande taille est rare (comme vu en cours), elle n'est pas nulle.

Bonne fin d'après-midi

Céline Brochier