Bonjour,

Après interrogation de la banque de données InterPro avec la séquence de l'ORF traduite en protéine,j'ai obtenu les résultats suivants (voir ci-dessous après ma question!):

1)Le domaine IPR004102 qu'est le domaine régulateur de PolyADPribosyl polymérase (PARP)a plusieurs séquences:
  -Une s'étend de l'aa 110 à l'aa 201 de notre séquence protéique (soit 91 aa) avec E-Value de: 3.3e-09
  -Une s'étend de l'aa 111 à l'aa 200 de notre séquence protéique (soit 89 aa) avec E-Value 3.4e-08.
  -une s'étend de l'aa 75 à l'aa 220 de notre séquence protéique (soit 145 aa) avec un E-Value de  3.4e-08

2)Le 2ème domaine IPR012317 qu'est la domaine Catalytique de PlyADPriosyl polymérase (PARP) a deux séquences :
  -Une s'étend de l'aa 211 à l'aa 286(soit 75 aa)de notre séquence protéique avec E-Value de  6.8e-09
  -Une s'étend de l'aa 185 à l'aa 288 (soit 103 aa)de notre séquence protéique avec E-Value de 9.407

Ma question est suivante :

1)Sachant que la fiche Interpro du domaine régulateur IPR004102  nous informe que ce domaine (régulateur) est presque toujours suivi de domaine de domaine catalytique IPR012317, est ce que dans ce cas je dois suivre l'indication de la fiche interPro cité ci-dessus et je prends les deux domaine régulateur+ catalytique ?si oui quel est le paramètre à prendre en compte pour choisir la séquence de IPR004102 :celle 89 aa avec E-Value 3.4e-08 ou celle de 91 aa (c'est à dire avec deux aa de plus mais avec E-Value de: 3.3e-09 un peu moins significatif que la première séquence ?

2)Si on peut se passer de l'indication de la fiche interpro,est ce que dans ce cas je prends uniquement la séquence qui s'étend de l'aa 75 à l'aa 220 de notre séquence protéique (soit 145 aa) avec un E-Value de  3.4e-08 du domaine régulateur IPR004102 , car les séquences du domaine Catalytique IPR012317 se chevauchent avec le domaine IPR004102?  


Résultats d'InterPro:
--------------------

Sequence "Sequence_1" crc64 checksum: 6DB0A4BF7A8C623F length: 288 aa.

InterPro       IPR004102      Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain
Molecular Function: NAD+ ADP-ribosyltransferase activity (GO:0003950), Biological Process: protein ADP-ribosylation (GO:0006471)
method         AccNumber      shortName                               location
Gene3D         G3DSA:1.20.142.10no description                          T[110-201] 3.3e-09
HMMPfam        PF02877        PARP_reg                                T[111-200] 2.8e-09
ProfileScan    PS51060        PARP_ALPHA_HD                           T[75-198] 14.761
superfamily    SSF47587       Domain of poly(ADP-ribose) polymerase   T[75-220] 3.4e-08

InterPro       IPR012317      Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain
Molecular Function: NAD+ ADP-ribosyltransferase activity (GO:0003950)
method         AccNumber      shortName                               location
HMMPfam        PF00644        PARP                                    T[211-286] 6.8e-09
ProfileScan    PS51059        PARP_CATALYTIC                          T[185-288] 9.407

InterPro       NULL           NULL
method         AccNumber      shortName                               location
Gene3D         G3DSA:3.90.228.10no description                          T[209-286] 1.4e-11
HMMPanther     PTHR15447      FAMILY NOT NAMED                        T[113-285] 2e-06
HMMPanther     PTHR15447:SF4  SUBFAMILY NOT NAMED                     T[113-285] 2e-06
superfamily    SSF56399       ADP-ribosylation                        T[207-287] 1.5e-12

cordialement.

Mati.