reneejenni
18 Apr 2011 23:38
Contribution non évaluée |
Bonjour,
Il m'a était demandé de réaliser un blastx afin de trouver des homologues. Nous avons donc fait un blastx contre la banque de donnée nr protéique et nous trouvons un grand nombre de séquences homologues. De ce fait faut-il définir le score seuil d'homologie, faire le rapport taxonomique et donc , faire un alignement multiple, définir un groupe d'étude et un groupe externe et enfin réaliser l'arbre phylogénétique.
De plus, devons nous faire un blastx contre swissprot.
Merci par avance,
Renée et jennifer |
E_Meglecz_11
19 Apr 2011 8:02
Maître de jeu |
Bonjour,
Non, le but de BLASTx n'est pas de faire une analyse phylogénétique, mais de tester si votre séquence (et pas de votre ORF) a des homologues dans des baques protéiques. Vérifiez dans quel cadre de lecture vous avez trouvé des homologues. Est-ce le même que votre ORF?
Emese Meglecz |