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choix des groupes d'etudes et exterieurs |
milou
13 Nov 2007 17:49
Contribution: Pertinent |
BONJOUR
notre blast p contre nr nous donne une distribution particulière au niveau du taxonomy report car nos homologues
ne sont pas classés suivant leur groupe taxonomique.afin de construire l\'arbre nous avons choisi les actinobactéries
comme groupe externe,mais en utilisant la methode par parcimonie on se rend compte que nos groupes externes sont
disposés comme si il n\'y avait de lien taxonomique entre eux.on se demande donc si nous avons choisi les bons critères
pour déterminer notre groupe d\'étude et notre groupe externe. qu\'en pensez vous?
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Brochier_BC07
13 Nov 2007 18:43
Maître de jeu |
Bonsoir,
Vos séquences sont bien classées par lignage, mais le dit lignage est 'les bactéries'. Pourquoi ? Parce que votre premier score est une 'uncultured bacteria', donc une bactérie. Le niveau taxonomique considérée dans le taxonomy report est donc les bactéries.
Sur quelle base avez choisi les actinobactéries comme groupe extérieur ? quel est votre groupe d'étude ?
Céline Brochier |
milou
14 Nov 2007 13:37
Contribution non évaluée |
bonjour
Nous nous sommes trompés,les actinobactéries sont en fait notre groupe d'étude et ce sont les cyanobactéries notre groupe externe.
Nous avons pris les actinobactéries comme groupe d'étude car les uncultured bactéries en clickant sur le détail appartiennet
à ce taxon. Les cyanobactéries ont été choisies car ce sont les bactéries les plus éloignées au niveau du rapport taxonomique
qui ont une e-value et un score correct
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Brochier_BC07
16 Nov 2007 20:04
Maître de jeu |
Bonsoir,
Si votre groupe d'étude est les actinobactéries et que les cyanobactéries sont votre groupe extérieur, cela signifie (i) que vous partez du principe que les plus proches parents des actinobactéries sont les cyanobactéries (ii) ou que vous n'avez que les cyanobactéries groupe d'organismes autre que les actinobactéries. La plupart d'entre-vous ne sont pas familiers avec la taxonomie bactérienne, aussi je vous invite à regarder le site web du tree of life (votre post sur le forum) pour vous aider à choisir les groupes extérieurs. Une fois que vous avez choisi un froupe d'étude et un groupe extérieur, les séquences que vous choisissez doivent doivent être représentatives de la diversité du groupe extérieur et du groupe d'étude.
Cordialement,
Céline Brochier |