Forum "Analyse phylogénétique"

Sujet de discussion: Construire un arbre !

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Construire un arbre !
matir
6 Apr 2011 19:51
Contribution non évaluée

Bonjour,

J'ai trouvé suivant mon "Lineage Report" les résultats suivants (voir ci-dessous):
1-Les virus avec les scores suivants :391 max------->123 min.
2-Bactéries (a,b,g protéobactéries,.....firmicutes) avec les scores suivants :354 max------>35 min.

Sachant que les virus ont une position phylogénique incertaine ? que je dois faire pour construire les arbres ? je me contente de faire uniquement l'alignement multiple?

C_Brochier_11
9 Apr 2011 9:02
Maître de jeu
Bonjour,

Je ne comprends pas votre question. Que voulez vous dire par "que je dois faire pour construire les arbres ?" Vous parlez au niveau technique ? si c'est le cas, il faut employer la même approche dans tous les cas de figure.
" je me contente de faire uniquement l'alignement multiple? " << ce n'est pas parce que les virus ont une place incertaine qu'on ne peut pas faire d'analyse phylogénétique. Le seul problème est que vous ne pouvez pas les utiliser comme groupe extérieur et que si vous voulez en faire un groupe d'étude, vous ne pouvez pas définir de groupe extérieur a priori.

Céline Brochier
matir
9 Apr 2011 10:41
Contribution non évaluée
Bonjour,

Vous n'avez pas compris ma question, mais j'ai eu la réponse dans la dernière partie de votre message.

Merci

MATI.