Bonjour,

  J'  ai un problème pour déterminer le score seuil d'homologie  car je n'ai pas de saut des E-Value.
De ce fait, j'ai regardé l’alignement 2 à 2, et là, je rencontre une difficulté :
    Pour les meilleurs scores, de 376 à 196 bits j’ai un alignement sur « toute » la longueur de ma séquence requête alors qu’en dessous de ce score, l’alignement ce fait seulement sur une partie de mon ORF. Mis à part ca,  bien après ce score, j’ obtient des séquences possédant les différents critères  d’homologies  dont la présence de motif conservé.  A partir de 41.6, présence de séquences homologues et non homologues.

DRET Jennifer

  Où dois-je placer mon score seuil d’homologie ?

Bonjour,

Je pense que vous avez déjà la réponse à votre question.

Bien cordialement,

Céline Brochier