Bonjour,
J'aimerais savoir avec quelles séquences faire mon alignement multiple si je n'arrive pas à définir mon groupe d' étude  et mon groupe extérieur parce que j'ai des homologues métagénomiques. En effet, en faisant un blastp contre nr, j' ai trouvé un homologue d'un organisme identifié; Puis en faisant tblastn contre env-nt, j'ai trouvé des séquences métagénomiques dont l'organisme n'est pas identifié. Mon arbre ne sera certes pas raciné, mais pour faire l'arbre,quelles séquences  dois je sélectionner , comme groupe d'étude , et lesquelles comme groupe exterieur? Je rappelle que je n'arrive pas à identifier non plus l' organisme d' où vient mon ORF.
Merci
Renée  

Bonjour,

En effet la banque environnementale ne contient pas d'informations sur la taxonomie, donc vous ne pouvez pas déterminer le groupe d'étude et le groupe extérieur. Vous pouvez faire un alignement multiple avec la traduction de votre ORF, le homologue trouvé dans la banque nr, et quelques homologues trouvés dans la banque environnemental. Prenez des séquences qui sont homologues mais pas seulement celles avec les meilleurs hits.

Emese Meglecz