bonjour,
en faisant les 3 blast P (suissprot, nr, environnemental) on ne trouve aucune séquence homologue.
Et par contre, quand on fait blast x contre environnemental, on trouve plusieurs séquences homologues.
La question est, est ce qu'on peut utiliser ces séquences pour faire l'alignement multiple et la phylogénie?

samiahafsoi

Bonjour,

Est-ce que les homologues que vous détectez par blastx correspondent à l'ORF que vous devez analyser (i.e. la plus longue détectée sur votre fragment génomique)?
Si oui alors il y a un problème quelque part. Si non, alors vous ne devez pas faire leur analyse phylogénétique car vous ne devez analyser que l'ORF la plus longue. Par contre vous pouvez discuter des informations que vous apportent ce blastx.

Céline Brochier

bonjour.
Les séquences homologues qu'on a détectés par blastx correspondent a l'ORF mais on a l'homologie, seulement sur une partie de la l'ORF mais pas sur la totalité.
et donc on ne sais pas d'où pourrait venir l'erreur. puisque lorsqu'on a fait les autres blast il n'yavait pas de séquences homologues.
pouvez vous nous indiquez l'erreur ou les procédure à faire afin de la
samiahafsoi

Bonjour,

Êtes-vous sûr que les séquences détectées par BLASTx correspondent à votre ORF?
Pour information:
'Frame = -3' dans le résultat de BLASTx veut dire que votre séquences nucléique était traduite dans le carde 3 sur le brin indirect pour obtenir l'alignement.

Emese Meglecz