bonjour,
En fait on a fait l'arbre phylogénétique mais on arrive pas à le transformer en format texte,
ni à le colorier du coup on a pas arrivé à le copier coller dans le résultats bruts.
pouvez vous nous indiquer comment faire pour le coller dans les résultats?
je vous envoi l'arbre par email car je n'arrive pas encore a le coller dans le forum.

bonjour,
regarde FAQ: voir ce lien:
http://annotathon.org/Metagenes/index.php/Annotathon:_foire_aux_questions
la dernière étape sur Phylogeny.fr  clique sur "text".

Bonsoir,

Voici notre séquence GOS_2034010.108.

Nous avons choisit comme groupe d'étude les alpha protéobactéries et comme groupe externe les bêta et gamma protéobactéries car en reculant d'un cran sur le taxon figurent seulement les bêta et les gamma et non pas les delta et epsilon qui sont un cran encore plus loin. Dans un premier temps nous voudrions savoir si cela est correct car au départ nous avions choisit comme groupe externe toutes les protéobactéries sauf les alpha mais un des tuteurs nous a fait changer.
Dans un deuxième temps, nous rencontrons un problème avec notre arbre phylogénétique. En effet, après n'avoir retenu que des séquences protéiques appartenant à des alpha, bêta, gamma protéobactéries nous constatons que l'arbre présente à deux reprise une protéobactérie de notre groupe d'étude et une protéobactérie du groupe extérieur sur des branches issues du même nœud. Nous avons bien pris soin de raciner l'arbre, ce qui nous sépare clairement notre groupe d'étude avec notre groupe externe cependant il reste deux protéobactéries qui ne sont pas à leur place, est-ce normal ?

Marlène et Clémence

Bonjour,

Première remarque, il faut que vous posiez les questions relatives à une annotation directement à partir de celle ci. Cela nous permet d'avoir un lien vers la séquence en question. SI vous ne mentionnez que le numéro, l'opération est pour nous plus complexe.

Par rapport à vos remarques:

- Première remarque: la remarque de l'enseignant est justifiée. Choisir comme groupe d'étude, les protéobactéries - un groupe de protéobactérie n'a aucun sens.
Votre nouveau choix est rationnel sur le principe (je ne vous dirai pas si il est adapté à votre cas).

- Deuxième remarque: Il faut vérifier avant tout si vous n'avez pas fait d'erreur à un moment donné. Si vous êtes sur de vos analyses alors il faudra essayer d'expliquer votre observation du point de vue biologique. Pour ce faire je vous renvoie au poly phylogénie de TP qui est accessible via la FAQ.

Céline Brochier

Bonjour,

Mon groupe d'étude est le règne du vivant, je n'ai donc pas de groupe externe. Lorsque je réalise mon arbre, les bactéries, les eucaryotes et les virus apparaissent sur un même taxon et en cliquant sur "reroot" je n'arrive pas à raciner mon arbre correctement afin de faire apparaître trois taxons bien définis: virus/eucaryotes/bactéries.

Comment obtenir un arbre raciné lorsqu'on a pas de groupe externe ?

Merci,
Clémence

Bonsoir,

Je ne comprends pas votre question. Si vous n'avez pas de groupe extérieur vous ne pouvez pas enraciner votre arbre. La seule chose que vous puissiez faire est d'utiliser la fonction d'enracinement pour positionner une racine virtuelle (cad qui n'a pas de sens biologique) afin d'essayer de séparer les séquences bactériennes des séquences eucaryotes dans le but de rendre l'arbre plus lisible pour le correcteur.

Bien cordialement

Céline Brochier