Bonjour à tous,

Ma sortie "lineage report" est extrêmement maigre en conséquence de très peu de hits trouvés en blastp (NR banque), j'ai donc de sérieux problèmes à décider d'une phylogénie pertinente...
Puis-je prendre un groupe d'étude plus large (exemple : prendre les protéobacteries en général et non en cibler une seule en particulier)car cela me semble maigre de prendre uniquement les a-proteobacteria comme groupe d'étude (qui ne sont qu'au nombre de 3) pour monter un arbre.
Comment choisir mon groupe extérieur dans ce cas précis ?

merci d'avance

Rémi

Lineage Report

cellular organisms
. Bacteria                       [bacteria]
. . Proteobacteria                 [proteobacteria]
. . . SAR11 cluster                  [a-proteobacteria]
. . . . Candidatus Pelagibacter ubique [a-proteobacteria]
. . . . . Candidatus Pelagibacter ubique HTCC1062 --------------  136 2 hits [a-proteobacteria]    hypothetical protein SAR11_1720 [Candidatus Pelagibacter ub
. . . . . Candidatus Pelagibacter ubique HTCC1002 ..............  135 2 hits [a-proteobacteria]    unknown membrane protein [Candidatus Pelagibacter ubique HT
. . . . alpha proteobacterium HIMB114 --------------------------   53 2 hits [a-proteobacteria]    acetobutylicum phosphotransbutyrylase [alpha proteobacteriu
. . . Candidatus Accumulibacter phosphatis clade IIA str. UW-1 -   41 2 hits [b-proteobacteria]    hypothetical protein CAP2UW1_0425 [Candidatus Accumulibacte
. . . uncultured Desulfobacterium sp. ..........................   39 1 hit  [d-proteobacteria]    hypothetical protein N47_E42830 [uncultured Desulfobacteriu
. . . Desulfovibrio sp. FW1012B ................................   39 2 hits [d-proteobacteria]    VanZ family protein [Desulfovibrio sp. FW1012B] >gi|2835733
. . . Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7 ............................   38 2 hits [g-proteobacteria]    hypothetical protein Tgr7_0107 [Thioalkalivibrio sp. HL-EbG
. . . Rhodoferax ferrireducens T118 ............................   38 2 hits [b-proteobacteria]    hypothetical protein Rfer_2680 [Rhodoferax ferrireducens T1
. . . Alcanivorax borkumensis SK2 ..............................   37 2 hits [g-proteobacteria]    hypothetical protein ABO_0933 [Alcanivorax borkumensis SK2]
. . . Kangiella koreensis DSM 16069 ............................   36 2 hits [g-proteobacteria]    VanZ family protein [Kangiella koreensis DSM 16069] >gi|256
. . . delta proteobacterium NaphS2 .............................   35 2 hits [d-proteobacteria]    VanZ-like protein [delta proteobacterium NaphS2] >gi|300447
. . . Variovorax paradoxus S110 ................................   34 2 hits [b-proteobacteria]    VanZ family protein [Variovorax paradoxus S110] >gi|2398015
. . Cellulophaga algicola DSM 14237 ----------------------------   34 2 hits [CFB group bacteria]  pyrophosphate-energized proton pump [Cellulophaga algicola
. . Dyadobacter fermentans DSM 18053 ...........................   33 2 hits [CFB group bacteria]  VanZ family protein [Dyadobacter fermentans DSM 18053] >gi|
. Ignicoccus hospitalis KIN4/I ---------------------------------   35 2 hits [crenarchaeotes]      VanZ family protein [Ignicoccus hospitalis KIN4/I] >gi|1565
. Caenorhabditis briggsae AF16 .................................   35 2 hits [nematodes]           CBR-ITR-1 protein [Caenorhabditis briggsae AF16]
. Caenorhabditis briggsae ......................................   35 2 hits [nematodes]           putative inositol 1,4,5-trisphosphate receptor [Caenorhabdi

Hi Broth! Moi là j'aurais pris les a- d- et g-protéobactéries comme groupe d'étude, et l'ensemble nématodes + crenarchaeotes + CFB group bacteria comme groupe externe.

(ça n'est que mon avis ça vaut ce que ça vaut mais en attendant c'est toujours ça!)

A +.

Bonjour,

Tout d'abord, il faut vous poser la question, de quelles sont les séquences réellement homologues parmi les hits que présentés au niveau du taxonomy report.

Ensuite, compte tenu de l'abondance des séquences protéiques dans les banques de séquences, vous devez vous poser la question:
"qu'implique une aussi faible distribution des homologues au niveau des groupes taxonomiques"

En fonction de la réponse à cette question, vous serez en mesure de choisir un groupe d'étude et un groupe extérieur.

Céline Brochier

PS Essayez dans la mesure du possible de correspondre/vous concerter avec votre binôme avant de poster des messages sur le forum.

De mon point de vue, seulement les 3 premiers hits sont homologues, les autres ont une E-value vraiment trop élevée...on m'a dit que s'il n'y a pas assez d'homologues, l'arbre ne peut pas être créé, est-ce le cas ici ?

Pour la faible distribution des homologues, je pense que c'est du au fait que la fonction est inconnue (corrélé par le fait que je n'ai aucuns domaines fonctionnels sur l'ORF)

Bonsoir,

Le critère de la evalue n'est pas suffisant pour déterminer si vous avez à faire à des homologues (cf cours).

N'oubliez pas également que si vous ne trouvez pas beaucoup d'homologues dans nr, vous devez faire des recherches dans les banques de données environnementales.

Si après toutes vos recherches vous n'identifiez pas plus de trois homologues, vous ne pourrez pas faire l'analyse phylogénétique.

Céline Brochier

Ok merci pour les précisions

Rémi