BrothTeam
14 Feb 2011 1:02
Contribution non évaluée |
Bonjour,
Lors de la création de mon premier arbre, j'ai obtenu cela:
+-------Agroradio_gi_222085986_ref_YP_002544518.1_DNA_gyrase_A_subunit_A
+--------+
| +-Sinofredi_gi_227822110_ref_YP_002826081.1_DNA_gyrase_subunit_A_S
+--+
| +-------------Parybermu_gi_304321597_ref_YP_003855240.1_DNA_gyrase_subunit_A_P
+---+
| | +------Sagstellagi_126729838_ref_ZP_01745651.1_DNA_gyrase_subunit_A_Sag
| +----------+
+-------------------+ +----Sulfitoba_gi_83942520_ref_ZP_00954981.1_DNA_gyrase_subunit_A_Sul
| |
| |
+--------+ +--------------------Asticexcu_gi_315500084_ref_YP_004088887.1_DNA_gyrase_a_subunit_A
| |
| | +-------------------GLOVIOLACEUS_gi_37522651_ref_NP_926028.1_DNA_gyrase_subunit_A_Gl
| +----+
| | +-------ACARYOMA_gi_158336251_ref_YP_001517425.1_DNA_gyrase_subunit_A_Ac
| +-----+
| +-------THERMOSYNECHOel_gi_22298912_ref_NP_682159.1_DNA_gyrase_subunit_A
|
| +----------------------MYORF_GOS_2035030_Traduction_230-955_sens_direct
| |
| +--------------------------+ +-----PCMpastoris-CCMP1986_gi_33860565_ref_NP_892126.1_DNA_gyrase/topo
| | +---+
| +--------+ +------PCM-MIT9515_gi_123965239_ref_YP_001010320.1_DNA_gyrase/topoisome
| | |
| | | +-----SYN-RCC307_gi_148241104_ref_YP_001226261.1_DNA_gyrase/topoisomer
| | +--------------+
| | +------------CYAB-PCC7001_gi_254432446_ref_ZP_05046149.1_DNA_gyrase/topoisome
| |
| | +----------MICROCHTONO_gi_254417301_ref_ZP_05031045.1_DNA_gyrase/topoisomer
| | |
| | |
+-------+ +--+ +--------------MICRO-AERU_gi_166368730_ref_YP_001661003.1_DNA_gyrase_subunit_A
| | | |
| | +----+ +------------------------SYNECHO-CYST_gi_7404425_sp_P73077.2_PARC_SYNY3_RecName_Full=DNA
| | | |
| | +-+ +----CROCOWAT_gi_67921390_ref_ZP_00514908.1_DNA_topoisomerase_ATP-hyd
| | +-------+
| | |--CYAT-ATCC51142_gi_172039454_ref_YP_001805955.1_DNA_gyrase_subuni
| | |
| | +-------------------CYAN-UCYNA_gi_284928878_ref_YP_003421400.1_DNA_topoisomerase_IV
+---------+
| +-----NODULASPUMI_gi_119512306_ref_ZP_01631392.1_DNA_topoisomerase_cha
| |
| | +-RAPHIBROOKI_gi_282896473_ref_ZP_06304493.1_DNA_topoisomerase_4_s
| +-------+ +------+
| | | | +-gi_282901150_ref_ZP_06309081.1_DNA_gyrase_subunit_A_Cylindrosper
| | | +---+
| | | | +---NOSTOCAZOLL_gi_298491612_ref_YP_003721789.1_DNA_gyrase_subunit_A
| | +-+
+-+ |
| +----ANABAENA_gi_75909066_ref_YP_323362.1_DNA_topoisomerase_IV_subuni
|
| +---------OSCILLATOR_gi_300863985_ref_ZP_07108894.1_DNA_topoisomerase_IV_s
| |
+---++-------------TRICHOERY_gi_113475568_ref_YP_721629.1_DNA_topoisomerase_IV_subu
++
| +--------------ARTHROMAX_gi_209523648_ref_ZP_03272202.1_DNA_topoisomerase_ATP-h
+----+
+------LYNGBYA_gi_119489753_ref_ZP_01622511.1_DNA_topoisomerase_chain_A
Je n'étais bien entendu pas satisfait car l'espèce de "MYORF" n'était pas identifiable ici.
J'ai donc fait un arbre identique mais avec une dizaine de prochlorococcus marinus (PCM) en +, et j'ai à ce moment là pu distinguer quels PCM je devais rajouter dans le workflow pour que mon arbre soit suffisamment parlant (deux suffisent).
Voici donc ma question:
Dois-je mentionner toutes ces étapes et les arbres "perso" faits pour pouvoir identifier l'espèce où bien puis-je directement mettre l'arbre parlant (et donc le groupe d'étude correspondant)?
Merci d'avance!
Yoann Pesenti.
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C_Brochier_11
14 Feb 2011 9:14
Maître de jeu |
Bonjour,
Vous pouvez mentionner ces différentes étapes que vous avez effectuées car elles sont pertinentes. Vous pouvez également montrer les deux arbres correspondant aux deux analyses en expliquant bien le cheminement logique que vous avez suivi.
Par contre vous n'êtes pas obligé de faire une analyse aussi détaillée pour l'arbre initial que pour le second. Il suffit de décrire sommairement l'arbre, d'expliquer pourquoi vous n'étiez pas satisfait et ce que vous avez fait pour raffiner votre analyse.
Ensuite vous passerez plus de temps à détailler/analyser l'arbre final.
Céline Brochier |