Bonjour,

Lors de notre première correction, on nous a fait remarquer qu'il manquait le résultat du blast contre Swissprot. Or nous avions préféré générer un blast contre nr avec 5000 alignements (pour ne pas risquer de perdre des homologues interessants puisque Swissprot est une banque de données plus petite et annotée manuellement) qui nous avait donné les informations dont nous avions besoin pour la suite de notre étude. Quel est donc maintenant l'intérêt de générer un blastp contre Swissprot?

bonjour,

nous sommes dans le même cas, nous avons effectuer l'étude de notre séquence a partir du blast p contre nr, qui nous donné des résultats satisfaisant.lors de notre correction, le correcteur nous a demander d'effectuer un blast p contre swiss prot, la question est de savoir quel est l'interet de génèré un blastp contre suissprot et de savoir si nous devons utiliser les données de ce blast pour continuer notre analyse sachant qu'avec nr nous avons obtenue de très bon résultats

L'intéret d'un BLAST contre SWISSPROT est double:
- quand vous avez énormément de résultats contre NR, la taille modeste de SWISSPROT permet de mieux cerner le "paysage" des homologues surtout dans la partie "homologues éloignés" (en général dans SP vous avez facilement sous les yeux les hits de scores très élevés aux score plus limites)
- les fiches de la plupart des séquences dans NR sont peu ou pas annotées. Toutes les fiches SWISPROT on été annotées par des biologistes, comme vous, et il est extrêmement informatif de lire le résultat de leur travail d'annotation pour effectuer le votre. Non?