Bonjour,
Nous avons défini une e-value seuil à partir d'un shift dans la distribution des value du blast.
Cependant, dans le rapport taxonomique, on voit que toutes les séquences homologues (avec un score supérieur à celui correspondant à la e-value seuil) sont issues d'un même groupe taxonomique (les cyanobactéries).
On a donc pas de groupe extérieur à prori.

Se peut-il que l'on ai mal choisi notre e-value seuil ?
Peut-on continuer l'analyse sans groupe extérieur ?

Merci et bon courage!!

Bonjour,

"Nous avons défini une e-value seuil à partir d'un shift dans la distribution des value du blast."
C'est un indice pour discriminer les séquences homologues des non-homologues, mais ça n'est pas suffisant (dans ce cas, pourquoi ne pas avoir choisi un seuil à 10e-137, où on observe aussi un shift?).
Il est impératif de regarder les alignements 2 à 2 (longueur de l'alignement VS longueur de la séquence Subject? Pourcentage d'identité? de similarité? annotation de la séquence Subject?)

Je vous donne plusieurs pistes pour résoudre votre problème:

1: Etes-vous certains de n'avoir aucun homologues non cyanobactérie?

2: Dans le cas où vous n'auriez effectivement que des homologues cyano, vous pourriez en effet travailler sans groupe extérieur, c'est à dire sur un arbre non raciné.
Cela vous donnerait déjà un indice sur la distance évolutive entre votre séquence et ses homologues. (Rappelez-vous que la longueur des branches d'un arbre phylogénétique est proportionnelle à la distance entre les séquences, c'est à dire que plus deux séquences sont divergentes, plus les longueurs des branches qui les séparent sont grandes).

3: Aux vues du blast, ne pouvez-vous pas formuler une hypothèse plus précise quant à la nature de votre groupe d'étude?
C'est à dire, ne pouvez-vous pas définir votre groupe d'étude comme étant un sous-groupe cyanobactérien plutôt que les Cyanobactéries dans leur ensemble? Dans ce cas, vous résolvez votre problème de groupe extérieur (je vous laisse en déduire ce que sera alors votre groupe extérieur).

Bon courage pour la suite, et n'hésitez pas à poster à nouveau si vous avez des difficultés.

Laura E.