bonjour
j'ai un souci avec ma séquence je n'est aucun homologue avec nr et swissprot donc je fais un blastp contre enviro avec 1000 séquences elles me semblent toutes homologues mais quand je les regarde plus précisément la première est identique a la mienne mais toutes les autres sont beaucoup plus grande et s'aligne plusieurs fois par séquence avec a chaque fois des score différent des Evalue différent des identités différente etc...
j'ai donc beaucoup de mal a choisir celle que je vais prendre pour faire mon alignement et mon arbre,sens que ce soit un choix arbitraire.
peut être pourriez vous me conseiller?

merci

Bonjour,

Si toutes vos séquences vous semblent homologues, c'est peut être parce qu'elle le sont.
Êtes vous sur d'avoir touts les résultats du blast?

Le fait que votre séquence s'aligne plusieurs fois avec les séquences obtenues, est peut être du à un domaine répété ou un motif...
Dans tout les cas, quand vous sélectionnerez une séquence, vous aurai sa totalité, donc vous pourrez observer sur l'alignement multiple comment elles s'alignent entre elle et avec vos séquences, et si besoin est, vous pourrez refaire une sélection!

Vous avez remarquez ces particularités dans vos résultats, n'hésitez pas à les analysez et a essayer de les comprendre... mais toujours en faisant attention à la surinterprétation!


Bonne annotation.

C. Petitjean