bonjour,
voici nos observations en ce qui concerne l'étude de notre arbre,
Nous avons constaté un évènement de duplication au niveau du noeud 18 car de
part et dautre de ce noeud, nous avons à la fois des g-protéobactéries et
des a-protéobactéries. Etant donné ce mélange de part et d'autre du noeud,
nous concluons à une duplication au niveau de notre séquence ancestrale ce qui
fait que des gamma protéobactéries et des a-protéobactéries évoluent
différemment.
cependant dans notre sous-arbre 17, nous avons deux lignées de g-protéobactéries: vibrionales et des alteromonadales
                    alors que dans le sous- arbre 15 nous avons uniquement des enterobacteries.
Pouvons nous quand-même conclure à une duplication?

D'autre part, nous avons expliqué précedemment que nos séquences eucaryotes
étaient d'origine mitochondriale, ce quiexplique qu'elle soient mélangées
à des protéobactéries, à ce moment-là, nous pouvons dire que le noeud 17 qui
sépare nos deux séquences eucaryotes des séquences de protéobactéries
correspondrait à une duplication qui se serait effectuée au niveau de
cette séquence mitochondriale ancestrale. Cependant nous n'avons pas de
séquence intermédiaire qui permettrait de montrer dans l'arbre la spéciation
qui sépare les protéobactéries et les eucaryotes.
Nous pouvons donc conclure que les séquences qui appartiennent au sous-arbre 15
sont toutes paralogues à notre séquence X, ainsi que les 2 séquences
eucaryotes issus du noeud 17. Les autres séquences de l'arbre sont orthologues
à notre séquence X: ils sont séparés de X par une spéciation. Est-ce juste de
dire cela?
merci d'avance pour votre réponse.

Bonjour,
- Je suis d'accord pour le noeud 18
- Ce qui compte au niveau du noeud 18 c'est que de part et d'autre vous avez des alpha et des gamma (de chaque cote), ensuite si d'un côté vous avez des vibrionales et des alteromonadales et que de l'autre côté vous avez des entero, cela indique que certaines lignées de gamma ont gardé l'un ou l'autre des paralogues.
- Que signifierait un événement de duplication au niveau du noeud 17 ? qu'entendez vous par séquence intermédiaire ?
- 'Nous pouvons donc conclure que les séquences qui appartiennent au sous-arbre 15
sont toutes paralogues à notre séquence X' <= si vous avez une duplication en 15 oui, sinon non
- 'ainsi que les 2 séquences eucaryotes issus du noeud 17' <= si 17 est une duplication oui
Cordialement,
Céline Brochier