Boinsoir,
j'ai encore une petite question pour ma troisième séquence. J'ai établis le score seuil à 92. Au niveau du taxonomy report je n'obtiens que 9 séquences appartenant à mon groupe d'étude ayant un score supérieur au score seuil. Et je n'ai pas de séquence pour mon groupe extérieur ayant un score supérieur au score seuil. Mon groupe d'étude est les a protéobactéries car c'étaient elles qui étaient les plus nombreuses avec un bon score. Au niveau de mes arbres comment je peux faire pour les interpréter? Ma séquence ne se retrouve pas mélangée au niveau des séquences homologues, c'est la dernière des séquences. Alors puis-je quand même dire que ma séquence appartient aux a protéobactéries?
Merci beaucoup.

Bonjour,

Vous devez faire très attention à l'interprétation de vos arbres.
Dans la mesure où vous n'avez pas de groupe extérieur, vous ne pouvez pas le raciner, et vous ne pouvez donc pas rapprocher votre séquences de l'une des séquences (ou d'un groupe de séquences) de votre groupe d'étude, et vous ne pouvez pas savoir si votre séquence est inclue dans un groupe monophylétique connu ou non.

Par ailleurs, vous me dites avoir choisi les alpha protéobactéries comme groupe d'étude car les séquences de ce groupe sont les plus nombreuses et avec les meilleurs scores. Il est possible que dans votre cas ce soit un bon choix, mais ce ne sont pas des arguments suffisants pour choisir un groupe d'étude.

Une dernière chose, vous trouvez peu d'homologues avec un blastp contre NR, peut être y a t-il d'autres pistes à explorer?

Bonne annotation.

C. Petitjean

Bonjour,
je vous ai dit dernièrement que j'avais du mal à interpréter mes arbres (groupe d'étude = les a protéobactéries  car se sont les SEULES ayant un score supérieur au score seuil de 92.8 et je n'ai pas de groupe extérieur car aucune séquence de cette catégorie ne posséde un score supérieur au score seuil). Je ne savais pas si je pouvais dire que ma séquence appartenait donc aux a protéobactéries ou non. Ma séquence possède de plus peu d'homologues contre la banque NR. Vous me proposez d'explorer d'autres pistes mais je ne vois pas lequelles? Pourriez vous me débloquer, c'est le seul point qui m'embète pour pouvoir enfin remettre ma troisième séquence en correction 1.
Merci d'avance.

Bonjour,

Vous avez effectuez des blast contre swissprot et NR, ce qui est très bien, mais ces banques ne contiennent pas toute l'information génomique disponible.
Dans la mesure où vous avez peu de resultats, il pourrait être intéressant d'aller chercher une information différente.
En l'occurrence, je vous invite à faire une recherche de séquence sur la banque environnementale.

Bonne annotation.

C. Petitjean.