Bonjour,
J'ai fait une première analyse en choisissant comme groupe d'étude les Bactéries et comme groupe extérieur les eucaryotes et les archaes. Je trouvais ma séquence entourée de TOUTES les g protéobactéries. Mon groupe extérieur et mon groupe d'étude étaient bien séparées. Il y avait juste une cyanobactérie qui se mélangeait aux protéobactéries mais elle était assez éloignée de ma séquence.
J'ai donc fait une deuxième analyse avec comme groupe d'étude les gamma protéobactéries comme groupe d'étude et les alpha protéobactéries comme groupe extérieur. Le problème c'est qu'au niveau de mes arbres rien ne va plus. Je ne peux pas affirmer que ma séquence qui fait partie des bactéries fasse partie des g protéobactéries (d'aprés moi).
arbre selon PhyML --> mélange complet entre a protéobactéries et g protéobactéries, on ne peut donc rien déduire (d'aprés moi).
arbre selon BioNJ --> a preotéobactéries et g protéobactéries bien séparées SAUF une Rhodobacterales_bacterium_HTCC2255_gi_114773639
on pourrait donc supposer que ma séquence appartient bien aux g protéobactéries et que l'a protéobactérie se trouvant au milieu des g protéobactéries est due peu être à un transfert.
Dois-je continuer dans ce sens ou alors partir sur une troisième étude en choisissant comme groupe d'études les protéobactéries et comme groupe extérieur toutes les autres bactéries (ceci serait toujours cohérent avec mon premier arbre)? Dans ce deuxième cas comment expliquer la présence de cette cyanobactérie? Par un transfert?
Merci d'avance.

Bonjour,

votre analyse me semble cohérente, dans ce que vous me dites,
Par contre, faites attention au racinement de votre arbre, il est possible que le mélange entre les alpha et les gamma soit le résultat d'une mauvaise lecture du à un mauvais racinement...

En ce qui concerne la suite de vos analyses.
Je pense que vous avez la réponse, vos différentes phylogénies ne sont pas forcement claires.
Dans tout les cas, attention à la surinterprétation.
Mais vous proposez une analyse pour essayer d'être sur d'une interprétation, pourquoi ne pas essayer?


Bonnes phylogénies.

C. Petitjean