Bonjour.
J'ai besion d'une confirmation à propos de la confection de mon groupe extérieur. Mon score seuil est de 80.5 et mon groupe d'étude est les Bactéries. Au niveau de mon Lineage Report je n'ai aucun eucaryote ou arché (= groupe extérieur) possédant un score supérieur à celui de mon score seuil (c'est à dire 80.5). Dois-je donc faire un arbre SANS groupe extérieur?
Merci de votre réponse.

Salut, si tu n'a ni eucaryote ni archée avec un score supérieur au seuil, tu ne peu pas donc faire de groupe extérieur...Tu aura donc dans ton arbre uniquement ton groupe d'étude des bactéries.

Bonjour,

En effet, si vous n'avez pas de séquences correspondant au groupe extérieur que vous avez défini, vous ne pouvez pas les inventer, donc pas de groupe extérieur.
Par contre, peut être pouvez vous essayer de définir un groupe d'étude parmi les bactéries, et ainsi prendre les autres bactéries comme groupe extérieur?

Si vous ne pouvez pas définir a priori un groupe d'étude plus précis parmi les bactéries, vous devrez analyser votre arbre phylogénétique en conséquence et essayer de le raciner en fonction de la phylogénie de référence des bactéries. (essayer de retrouver les groupes monophylétiques connus)

Bonne annotation.

C. Petitjean