Bonjour,
Nous avons grâce au rapport taxonomique défini notre groupe d'étude comme étant le groupe des bactéries et notre groupe extérieur comme étant le groupe des archaebactéries.Nous avons effectué un alignement multiple de notre séquence protéique avec ces deux groupes et nous observons que notre séquence s'aligne mal avec les homologues,on n'observe pas de régions conservées.De plus notre séquence émerge au niveau du groupe extérieur.Ce résultat peut-il s'expliquer par une mauvaise définition des groupes d'étude et extérieur?Nous pensons par ailleurs que cela est du au fait que blast est basé sur un alignement 2 à 2 alors qu'un alignement multiple prend en compte plusieurs séquences.Est-ce une raison valable et suffisante pour expliquer nos résultats?
Comment expliquer que la recherche de domaines protéiques nous montre un domaine conservé alors que l'alignement multiple ne présente aucune région conservée?Est-ce une erreur de notre part?
Merci par avance

Bonjour,

Des similarites de sequences tres faibles (Evalue e-08) peuvent entrainer des alignements multiples avec tres peu de regions conservees et en toute incoherence avec la position du domaine fonctionnel. Si votre sequence emerge au sein du groupe exterieur cela suppose que le groupe d\'etude a été mal definie...
\"Comment expliquer que la recherche de domaines protéiques nous montre un domaine conservé alors que l\'alignement multiple ne présente aucune région conservée?Est-ce une erreur de notre part? \" Aucune erreur de votre part. Une recherche de domaine est plus sensible car utilise des modeles (ici de markov), qu\'un alignement multiple simple pour laquelle il faut une identité parfaite à une position pour donner lieu à une conservation d\'aa à cette position.
Finalement, il me semble que votre cas a deja ete repondu en TD ce matin. Plus besoin d\'envoyer un mail sur le forum...

Bonsoir,
comment devons nous procéder et à quel niveau devons nous intervenir?au niveau du blast ou devons-nous échanger groupe d'étude et groupe extérieur?
par ailleurs nous n'avons pas eu de td ce matin nous n'avons donc pas pu traiter ce cas.
Merci par avance

Votre cas est particulier, et necessite une reponse appropriee à  la lecture directe de vos resultats. Reponse donnee en TD..