Bonsoir,
J'aimerais savoir pour dire qu'une séquence environnementale est marginale ou pas on se fie plutôt aux nombres d'homologues qu'on lui trouve? Si elle a peu d'homologues alors on peut dire qu'elle est marginale?Ce qui peut être ensuite confirmé si dans l'arbre la séquence n'est pas raciné avec les homologues.
merci

Bonsoir,

je ne suis pas sur que marginal soit un terme très scientifique...Ce qui existe, c'est le concept se séquence ORFan, cad une séquence qui n'a aucun homologue dans NR, et aucun homologue dans les banques environnementales env_nr. Celle-là sera qualifiée d'ORFan (à condition d'argumenter qu'elle est bien codante).
Si dans l'arbre la séquence sort en dehors du groupe d'étude, alors il s'agit peut-être d'un problème de sélection des séquences du groupe d'étude/extérieur. Je cite le pdf de Céline Brochier: "   L’émergence de la séquence d’intérêt entre le groupe d’étude et le groupe extérieur
traduit très fréquemment (i) un mauvais choix des séquences représentant le groupe
d’étude et/ou le groupe extérieur, ou (ii) une mauvaise définition du groupe d’étude et/ou
du groupe extérieur." Reportez vous-y pour voir les solutions.

Oups j'aurais du préciser que ce message s'adressais plutôt à Monsieur Hingamp ( car marginal est le mot qu'il emploie dans la correction)
Donc monsieur Hingamp si vous lisez mon message !
merci

ok, désolé d'avoir interféré dans votre apparté... :)

En effet on ne qualifie pas une séquence simplement de "marginale", ce que je vous propose c'est de regarder l'arbre des séquences environnementales pour voir si votre ORF est "typique" de ce groupe (nichée dans une branche nombreuse), ou "marginale" (isolée, à l'écart du gros des troupes)... En tout état de cause, ce n'est pas une simple question du nb d'homologues que l'arbre permet de confirmer, car ça vous le savez avant l'arbre?