Bonjour,

j'aimerais avoir un éclaircissement de la part de monsieur Hingamp!
Car je n'arrive pas a savoir quel est l'alignement multiple le plus pertinent.
Lorsque nous avons fait une blastp contre les séquences environnementales nous obtenons quatres homolgues:
1.gb|EBM65719.1|  hypothetical protein GOS_8374342 [marine metag...   299    4e-80
2.gb|ECC36332.1|  hypothetical protein GOS_4197432 [marine metag...   293    3e-78
3.gb|ECV71306.1|  hypothetical protein GOS_2848543 [marine metag...   198    1e-49
4.gb|EBH46185.1|  hypothetical protein GOS_9258680 [marine metag...  70.5    3e-11
Lorsque nous faisons l'alignement multiple avec 1,2,3 (on enlève 4 car sans elle nous avons plus d'homologie sous conseil de monsieur Talla)
nous obtenons une belle région conservée, très longue.
Lorsque nous refaisons cette alignement avec 1,2,4 ( on teste en enlevant 3 sur votre conseil car il manque une bonne partie de sa région C term) alors on obtient des étoiles disparates un peu partout dans l'alignement.
Donc je sais pas trop est ce que c'est plus pertinent d'avoir une région très conservée quitte à perdre un homologue ( et donc de la diversité dans l'arbre)
Ou est ce qu'il vaut mieux garder tous les homologues ( déjà peu nombreux) même si du coup on a des étoiles un peu partout mais qui ne forment pas une région particulière.
J'espère avoir bien exposé mon pb!
merci

En fait pas si sûr d'avoir bien compris votre question... Si 4 n'est pas homologue, il ne faut pas la mettre, point barre... Si 3 est trop partielle, il ne faut pas la mettre non plus (généralités, je n'ai vérifié aucune de ces infos dans votre fiche). Donc, si on enlève 3 et 4, il ne reste que les 1 et 2! Et votre alignement ne peut alors être QUE mieux que pour 1/2/3 (qui est apparement très correct)...

C'est à dire que dans votre correction vous nous dites que vous pensez que 4 est homologue !
Je vais poser une autre question :
est il possible de faire un alignement multiple avec deux séquences ( 1 et 2) ?
Mais de faire un arbre avec les 4 séquences car ce sont quand même toutes des homologues et qu'on veut de la diversité dans un arbre!
L'alignement multiple avec 1 et 2 met en évidence une région très conservée (presque toutes la séquence en fait) qui n'existe pas si on fait cet alignement avec 1,2,3,4.Mais finalement est que c'est pertinent de faire un alignement multiple avec seulement 1,2 ?
merci

Non, si l'alignement multiple n'est pas acceptable (par ex avec les 4 séquences), il n'est absolument pas acceptable d'en déduire un arbre! Si seul l'aln à trois séquences est acceptable (assez de similitudes, pas trop d'INDEL, et pas de séquences partielles), alors c'est votre seul solution pour l'arbre. Deux séquences suffisent pour faire un alignement (l'ORF et un homologue), et trois séquences suffisent (l'ORF et 2 homologues) pour faire un arbre. C'est clair qu'un arbre à trois séquences au total ne sera pas terriblement informatif, mais si c'est tout ce que vous pouvez faire, alors qu'il en soit ainsi. En aucun cas on n'ajoute de séquences non-homologues, même quand l'arbre est d'une automnale paucité...