Bonsoir.
Je pensais y voir clair dans mon analyse toxonomique est pouvoir définir mon groupe détude et mon groupe exterieur, jusqu'à ce que j'aperçoive un Virus avec un E-value non négligeable de 7e-37 se nicher aux milieux de mes protéobactéries.. du coup pour définir mon groupe exterieur je suis un peu embêtée. sachant que ce virus est la seule séquence non bactérienne du rapport taxonomique avec un tel score est-il très génant de choisir cet espèce comme GO?.

Merci par avance.

Avec seulement une pauvre Firmicute et un virus dans ce paysage autrement 100% protéobactérien, je pense que ces deux exceptions ne sont pas de bons candidats au rôle de groupe extérieur! Elles risquent fort d'être le résultat de HGT (Horizontal Gene Transfer). Incluez-les dans l'arbre (si l'aln multiple tient le choc) pour voir l'origine des ces HGT potentielles...