Bonjour,

Si vous avez des questions concernant votre analyse, d'ici la soumission de votre travail, veuillez poser votre question par le biais de ce forum, svp.

Effectivement, vos questions sont peut-être partagées par d'autres étudiants.

Et la réponse à vos questions, pourrait peut-être aussi aider d'autres étudiants.

Bon travail,

BW

Bonjour Madame,

J'aurais une question sur le rapport taxonomique.

Dans mon cas, les résultats Blast reports me permettent de choisir un groupe d'étude et un groupe externe au niveau de l'espèce (niveau 8).

De ce fait la table 4 demandé qui synthétise les résulats taxonomiques a déjà une taille conséquente, vous avez signifié dans la correction de ma première séquence qu'il fallait ajouté une colonne au niveau taxonomique supérieur pour pouvoir justifier de la précision, qui dans ce cas serait la souche (niveau 9). À ce niveau, le Blast reports donne une nomination plus précise que l'espèce qu'à très peu de séquences et leur nombre est insuffisant pour constituer des groupes.

D'après mes souvenir, vous nous avez dis que de ne pas dépassé le niveau 8 (espèce). 

Dans ce cas, est-que je rajoute quand même une colonne souche pour justifier que je ne pouvais pas être plus précis ? Ou alors expliquer plus dans le détails ce que j'ai dis plus haut concernant le niveau 9 (souche) suffit à justifier que je ne pouvais pas être plus précis.

Merci de l'attention que vous accordez à ma demande.

Cordialement.

Amine Bendjama.

Bonjour,

j'ai reposté votre message dans le paragraphe adéquat "Recherche d'homologues: BLAST" et j'y ai répondu, voir ci-dessous.

Veuillez poster votre message à partir de votre formulaire de la séq.

Visualisez la séquence avec l'icône "oeil", la section "Message" est en haut du formulaire.

- Choisissez le paragraphe adéquat,

- Donnez un titre à votre demande,

- et rédigez votre demande.

=> De cette manière, j'ai directement accès à votre formulaire, et je peux aller voir votre travail.

Bon travail,

BW

Bonjour,

Quel est votre GE ? et votre groupe externe ?

=> 2 ordres différents au sein des gamma- ? ou 2 familles différentes dans un ordre donné ?

Votre ORF est bien inclus dans le GE sur les 2 arbres.

Sur PhyML :

- l'homologue le plus proche est BPGOOA1

- si vous remontez au noeud précédent, 3 autres séq ancrent l'ORF ds le GE, BPGOOOO1, BPGOOO1 et BPGOOO2

- si vous remontez encore au noeud précédent, les seq BPGOOL1, BPGOOM9 à BPGOON2 ancrent l'ORF ds le GE,

- et si vous remontez encore au noeud précédent, qui a un support de noeud de 1, il y a encore tout un groupe de seq qui ancre votre ORF ds le GE.

=> Donc votre ORF émerge bien dans le groupe d'étude pour PhyML.

Pour l'arbre de distance, l'ORF est en position plus basale, mais il émerge tout de même dans le GE.

- il est ancré dans le GE par les seq BPGOOA1, BPGOOOO1, BPGOOO1 et BPGOOO2.

- puis par toutes les autres séq qui émergent de la branche soeur.

=> Donc votre ORF émerge bien dans le groupe d'étude sur les 2 arbres.

Par contre, quel est votre GE ?

cf La cohérence avec l'arbre des espèces ("arbre de la vie") ne se limite pas à la séparation du groupe d'étude et du groupe extérieur : tous les niveaux taxonomiques doivent être monophylétiques.
Donc,
- si votre GE est une famille => avez-vous représenté plusieurs genres ? ces genres forment-ils des groupes monophylétiques sur l'arbre ?

OU 

- si votre GE est un ordre => avez-vous représenté plusieurs familles ? ces familles forment-elles des groupes monophylétiques sur l'arbre ?
=> Il faut le regarder, et le faire apparaître sur l'arbre.
=> Si votre ORF émerge ds un sous-groupe taxo plus précis, vous pouvez faire une hypothèse d'appartenance taxo plus précise.

Bon travail,

BW

Car nous avons déjà changé plusieurs fois de groupes choisis et nous avons aussi changé le rang auquel nous nous situons. 

==> Si vous êtes au niveau de l'Ordre, les familles testées ne vous ont pas permis d'intégrer l'ORF dans une famille ???

Si c'est le cas, dans votre travail, vous pouvez faire apparaître vos différentes tentatives infructueuses aussi (1 seul arbre par essai infructueux; vous ne mettez les 2 arbres avec les 2 méthodes que pour la sélection de séq qui vous permet de conclure). Cela démontrera votre démarche scientifique, et justifiera votre choix de groupe plus large.

Bon Travail,

BW

Bonjour, 

Suite à vos questions voila nos réponses : 

Quel est votre GE ? 

Notre groupe d’étude est Oceanospirillaceae. 

et votre groupe externe ?

Et notre groupe externe est Shewanellaceae. 

=> 2 ordres différents au sein des gamma- ? ou 2 familles différentes dans un ordre donné ?

Ils appartiennent à deux ordres différents, le groupe externe appartient à l’ordre des Alteromonadales et le groupe d’étude appartient à Oceanospirillales. 

Nous sommes allé jusqu’au rang 6, donc jusqu’à la famille mais pour notre groupe d’étude et externe nous avons pris des ordres différents. 

Serait-il mieux que l’on choisisse le même ordre mais que l’on prenne des familles différentes ? 

Merci d'avance de votre réponse

Bonne fin de journée

Bonjour,

Serait-il mieux que l’on choisisse le même ordre mais que l’on prenne des familles différentes ? 

Consignes :

- Il faut trouver le groupe d'appartenance le plus précis;

- le GE doit être monophylétique;

- Et le groupe externe doit être de même niveau taxonomique que le GE.

C'est donc mieux si vous pouvez trouver la famille d'appartenance. Mais dans ce cas, le groupe externe devrait être une autre famille DANS le même ordre.

Si vous avez choisi deux ordres différents pour les groupes d'étude et externe, cela signifie que votre groupe d'étude est au rang de l'ordre.

MAIS n'oubliez pas que le GE DOIT être monophylétique : par conséquent, si votre GE est au rang de l'ordre, il faut représenter la diversité au sein de ce groupe, il faut représenter les différentes familles au sein de ce groupe.

Par conséquent, si vous avez sélectionné une seule famille alors que votre GE est au rang de l'ordre, cela signifie que votre groupe d'étude est paraphylétique, vous excluez une partie des descendants du même ancêtre commun.

Donc, si pour le GE, vous avez choisi des séq qui proviennent d'une seule famille, alors le groupe externe devrait être au même rang, une autre famille dans le même ordre.

L'exception, c'est si vous ne pouvez pas parce que vous n'avez pas d'autres familles dans le même ordre, ou pas suffisamment de seq d'autres familles pour former un groupe externe (par exemple, une seule séq, c'est insuffisant pour former un groupe externe). Dans ce cas, on remonte d'un cran dans la taxo de réf, mais cela doit être justifié.

Mais si vous avez une dizaine de séq, même de familles différentes, au sein du même ordre, ce choix est plus judicieux.

Si cette sélection de séq, dans le même ordre, donne un résultat mélangé sur l'arbre, si les groupes sont mélangés sur l'arbre, alors on remonte d'un cran dans la taxo de réf => et on fait le GE sur l'ordre, mais celui-ci doit être monophylétique.

Bon travail,

BW

Bonjour Madame, 

Concernant le choix du groupe externe, le second plus grand groupe au sein de la famille identifiée comporte 5 hits.
Ce nombre est-il suffisant pour constituer un groupe externe pertinent ?

Est-il préférable de sélectionner un groupe externe dans un ordre taxonomique différent, en changeant de famille afin d’obtenir un ancrage plus robuste ?

Merci d’avance pour votre retour,

OK, si votre GE est Oceanospirillaceae (ce qui semble être un bon choix, car votre seq étudiée émerge bien dans le groupe de séq roses).

Alors toutes les autres familles dans l'ordre des Oceanospirillales sont de même niveau taxo : vous pouvez prendre plusieurs familles pour arriver à 10-15 seq pour votre groupe externe.

ATTENTION :

- l'arbre que vous me montrez là, n'est pas bien enraciné sur le groupe externe : c'est à vous de faire l'enracinement avec l'option reroot outgroup.

- la seq BPGOOL1 émergera probablement avec le groupe externe. Pour l'instant votre arbre est enraciné sur cette séquence.

Bon travail,

BW

Bonjour Mme, 

Voici ci dessous nos arbres en ajoutant d’autres séquences dans le groupe externe. 

La séquence BPGOOL1 est pourtant ici toujours dans le groupe d’étude et non dans le groupe externe, elle parait pourtant bien insérée dans celui-ci, pensez vous qu’il faut que nous la changions de place ? 

Aussi pouvez vous nous dire si les arbres vous paraissent valides et bien enracinés ? 

Merci d’avance et bonne journée

Bonjour Mme, 

Voici ci dessous nos arbres en ajoutant d’autres séquences dans le groupe externe. 

La séquence BPGOOL1 est pourtant ici toujours dans le groupe d’étude et non dans le groupe externe, elle parait pourtant bien insérée dans celui-ci, pensez vous qu’il faut que nous la changions de place ? 

Aussi pouvez vous nous dire si les arbres vous paraissent valides et bien enracinés ? 

Merci d’avance et bonne journée

Bonjour, 

Oui, sur les derniers arbres présentés vous séparez bien groupe d'étude et externe, et BPGOOL1 est bien dans le groupe d'étude. 

Ce n'était pas le cas avec l'arbre précédent : vous aviez 5 seq du groupe externe se terminant par EE ouEK, et ces 5 seq étaient entre le groupe d étude et BPGOOL1.

PAR CONTRE, sur les derniers arbres présentés, le 2e a toutes les feuilles dedoublées. Est ce que vous n'auriez pas collé 2fois votre sélection de seq pour faire l'alignement multiple puis la reconstruction de l'arbre ?

Bon travail 

BW