Bonjour, j'ai réalisé toute mon analyse avec cette séquence. Mais avant de la soumettre pour évaluation j'ai eu un doute. J'ai énormément d'e-valeurs égales à zéro. Je voulais savoir si c'était normal ou alors s'il vaut mieux que je change de séquence. 

Merci d'avance pour votre réponse.

Bonjour,

Un E-valeur affichée comme 0.0 est une valeur plus petite que 1e-182. En soit, ce n’est pas un problème d’avoir plusieurs E-valeurs si petites, mais dans votre case, il y a différents phyla avec une telle valeur. Il est donc difficile à expliquer pourquoi vous avez exclu les Cyanobacteria, Proteobacteria, Thermodesulfobacteria etc. de vos analyses. 

Vous pouvez bien garder votre séquence. Faites un BLASTp en utilisant seulement une partie de traduction de l’ORF (moitié ou deux tiers). Ceci va faire des alignements plus courts, donc les E-valeurs plus élevées et probablement ça va vous permettre à déterminer le groupe d’étude et groupe extérieur avec plus de confiance.

Avec un peu de chance, le groupe d’étude restera bien les Flavobacteriia, et dans ce cas vous pouvez garder vos analyses phylogénétiques. Dans le cas contraire, il faut refaire une sélection des homologues et refaire l’arbre. Utilisez l’ORF complet pour les analyses phylogénétiques, la version raccourci sert uniquement pour mieux distinguer les meilleurs Evaleurs des différents groupes.

Vous y êtes presque :)
Emese Meglecz