Bonjour,
Vous avez aidé mercredi mon binôme Belhocine Mohamed à faire le blast pour notre séquence. Puis vous lui avez conseillé de choisir deux groupes d'études à la fois eucaryotes et procaryotes. Le problème c'est que je n'arrive pas à refaire ce même blast pour rajouter des séquences. Pouvez vous me dire si vous vous rappelez avoir sélectionné des paramètres particuliers? A priori c'est un blasp p contre nr dans NCBI.
Merci
Leblanc Marion

Je n'ai pas souvenir d'avoir fait un BLAST particulier; en le refaisant à l'instant, j'obtiens en effet des résultats un peu différent de ceux dans votre case BLASTp vs NR. Ce qui m'intrigue c'est que le BLASTp standard au NCBI donne ceci:
                                                                   Score     E
Sequences producing significant alignments:                       (Bits)  Value

ref|XP_001731467.1|  hypothetical protein MGL_1650 [Malassezia...  73.6    6e-12 Gene info
ref|ZP_01167631.1|  diphosphomevalonate decarboxylase [Oceanos...  73.2    1e-11
ref|XP_827840.1|  diphosphomevalonate decarboxylase [Trypanoso...  72.4    2e-11 Gene info
pdb|2HKE|A  Chain A, Mevalonate Diphosphate Decarboxylase From...  72.0    2e-11 Related structures
dbj|BAD07376.1|  mevalonate diphosphate decarboxylase [Actinop...  71.2    3e-11

alors que ceux dans vos annotations sont du type suivant (où chaque hit qui commence par "gi" au lieu du nom de la banque comme ci-dessus):
                                                                   Score     E
Sequences producing significant alignments:                       (Bits)  Value

gi|40882372|dbj|BAD07376.1|  mevalonate diphosphate decarboxyl...  79.7    9e-14
gi|149918167|ref|ZP_01906659.1|  mevalonate diphosphate decarb...  79.3    1e-13
gi|213964930|ref|ZP_03393129.1|  diphosphomevalonate decarboxy...  77.8    3e-13
gi|164660688|ref|XP_001731467.1|  hypothetical protein MGL_165...  76.3    1e-12 Gene info
gi|9695271|dbj|BAB07791.1|  diphosphomevalonate decarboxylase ...  76.3    1e-12

Donc le BLASTp de la semaien dernière a été fait ailleurs qu'au NCBI; pourtant c'est le NCBI qui fabrique ces fameux identifiants "gi"... J'ai testé un BLASTx au NCBI, mais ça ne donne pas non plus des hits en "gi".