Bonjour,

j'ai conclus que l'orf étudié n'était pas complet en 5' et j'essaie donc de préciser combien d'acides aminés sont manquants grâce à l'alignement multiple.

J'ai donc compté le nombre de gaps ( environs 300, entre 305 et 290 ) et j'ai multiplié par 3 afin d'obtenir le nombre d'acides aminés, cela me semble énorme.

Est ce que j'utilise la bonne technique ? Sinon comment dois-je faire ?

D'avance merci,

Maë.

Bonjour Maë,

Il y a de longs gènes même si la majorité est plutôt courte chez les bactéries :
https://plos.figshare.com/articles/figure/_Gene_length_distribution_for_genes_of_202_gut_bacteria_genomes_/564400

Attention, si vous multipliez le nombre des positions par 3 vous aurez les nombres des nucléotides et pas les aa.

Emese Meglecz

Bonjour,

Daccord merci.Je trouve ici ( https://microbewiki.kenyon.edu/index.php/Pelagibacterales_(SAR11)#Description_and_Significance ) qu'il s'agit des cellules vivant librements ayant le plus petit génome. Ca ne semble pas être en accord avec la présence d'un gène si long... Pensez vous que je puisse alors orienter la classification de l'ORF grace à cela ? ( si je ne me suis pas trompée dans la façon de calculer ) ou est ce tirer de trop grandes conclusions ? Si j'ai un ORF si long et que les pelagibacterales ont des tout petits génome, cela me ferait penser que l'ORF proviendrait plus probablement des rickettsiales...

Effectivement, je me suis trompée en tapant la question merci.

Cet élément est intéressant et vous pouvez le discuter comme une hypothèse. Par contre, ne sautez pas à une conclusion, car c’est quand même assez spéculatif. Même dans un petit génome, on peut trouver des gènes longs. La preuve c’est que les homologues ont des séquences longues.

Daccord, merci beaucoup !