Bonjour ,

Pour le choix des séquences du groupe d'étude et du groupe extérieur sur Tax Report, concernant la meilleure e-valeur de la séquence représentant le sous groupe , souvent à la fin de la description il est ecrit "unclassified", je suppose que je ne peux pas les choisir ?

Est ce que dans ce cas je choisis une séquence qui appartient a ce sous groupe avec la meilleure e-valeur ?

Merci

ou je peux ne prendre aucune séquence de ces sous groupe, car meme comme cela j'atteins à peu pres les 30 séquences

Bonjour,

Je suppose que vous parlez de ce type de lignée :

Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Cellvibrionales:unclassified Cellvibrionales

Cela veut dire qu’il s’agit d’une séquence qui vient de l’ordre de Cellvibrionales, mais on ne sait pas de quelle famille de Cellvibrionales.

Vous avez choisi comme groupe d’étude l’ensemble des alpha, bêta et gamma. Dans ce cas,  la séquence est bien pertinente, car vous savez qu’elle vient de groupe d’étude et vous avez même plus de précision : Gammaproteobacteria (class) Cellvibrionales (ordre).

Par contre, si vous avez une séquence annotée comme unclassified Proteobacteria, cela ne vous apporte pas d’information, car vous ne pouvez pas savoir si elle vient de groupe d’étude ou groupe extérieur.

Bon travail,
Emese Meglecz

d'accord 

comme j'ai voulu avancé tout à l'heure, j'ai donc pas forcément pris a chaque fois la sequence représentant le sous groupe ayant la meilleure e-valeur mais j'ai pris une autre séquence (avec une e-valeur la plus proche) du sous groupe est-ce un problème ?

Bonjour,

Si vous avez un arbre interprétable non, ce n’est pas un problème.