Bonjour! 

Après analyse taxonomique, je trouve deux groupes distincts qui ont des e-valeurs assez similaires : des virus, et des gamaprotéobactérias.

Je suis tentée de prendre les Gamma en groupe extérieur, puisque nous utilisons le code génétique des bactéries. Mais c'est dommage de perdre l'info du virus, non? 

De plus, dans le résultat brut du taxonomy report, vous pouvez peut-être voir que les séquences sont organisées jusqu'au Gammaprotéobactéries, mais pas plus loin. Est-ce suffisant? (vos vidéos vont plus loin, mais les règles du jeu selblent de satisfaire de ce niveau d'analyse.)

Merci d'avance, 

Margaux 

C'est super intéressant comme résultat ! Les betaprotéobacteria ont des e-vleur plus faibles, d'un ordre de grandeur ~20. Ca marcherait pour un groupe extérieur non ?

Pour les virus, tu peux essayer de soutenir l'hypothèse d'un transfert de gène virus -> gamaprotéobactéries.

Tes alignements pourraient te donner plus d'info.

Merci Robin! 

En fait j'avais peur de perdre des infos, parce que dans les vidéos, je pense qu'on ne s'arrête pas à Gamma / beta, mais qu'on passe au sous-ordre. 

Mais tu as raison, en prenant Gamma comme groupe d'étude, et les béta comme groupe extérieur, ça fonctionne. 
Et je peux garder les virus pour la suite / l'analyse des résultats. 

Merci! 

Bonjour Margaux et Robin,

En effet, c'est un cas très intéressant !

Merci encore pour les commentaires de Robin. Toujours très pertinents