Bonjour, 

J'ai un petit problème concernant mon arbre. En effet mon groupe d'étude et mon groupe exterieur ne sont pas bien délimités comme dans la vidéo, mais toutes les séquenes sont "mélangées" dans l'arbre.

Est ce normal ? 

Merci d'avance.

Maëlle Jarnoux 

Salut Maëlle,

Tu as essayé de changer l'origine de ton arbre pour caser ton groupe extérieur à l'extérieur de l'arbre ?

Bonjour Maëlle,

Pourriez-vous copier l’arbre dans l’Annotathon pour que je puisse vous aider ?

Robin a raison, souvent la racine n’est pas correctement placée, il faut donc correctement enraciner l’arbre.

Si vous ne pouvez pas séparer le groupe d’étude et extérieur en plaçant la racine, vérifiez si votre choix de groupe d’étude était correct. Pouvez-vous définir un groupe d’étude plus restreint ou plus large que les alphaproteobacteria ?

Je suis sur zoom si vous avez besoin plus d’info.

Emese Meglecz

Merci Robin, Merci Madame, 

J'ai copié collé mon arbre dans mes resultats bruts, je vais essayer de changer la racine de mion arbre. 

Encore Merci!

Bonjour Maëlle,

En effet les séquences des alpha, bêta et gamma sont bien mélangées et ce n’est pas une question de racine.
Regardez le tableau 4. Pouvez-vous définir un autre groupe d’étude ?

Courage ! Vous n’êtes pas loin !

Emese Meglecz

Bonjour Madame, 

En effet au début je souhaitais faire mon groupe d'étude à partir de Alphaprotéobactérie Rhodobacterales et mon groupe externe : toutes les autres alphabactéries non Rhodobacterales. Cependant mon e-valeur max pour l'Alphaproteobacterie Rhodobacterales est de 2e-133 mais j'ai également une ligne au dessus avec juste "Alphaprotéobactérie" dont l'e-valeur max est de 2e-134. 

Cela ne pose t il pas de problème pour le choix de mon groupe d'étude ? 

Cordialement 

Maëlle Jarnoux 

Bonjour Maëlle,

Les hits de la première ligne viennent des alphaprotéobactéries, mais nous n’avons pas plus de détail. Ils peuvent venir des Rhodobacterales ou d’autres sous-groupes.

Vu les Evaleur, il est raisonnable de penser que l’ORF vient des alphaprotéobactéria, et selon les informations disponibles, parmi les alphaprotéobactéria, le Rhodobacterales est le groupe le plus probable. Vous pouvez donc choisir les Rhodobacterales comme groupe d’étude et ignorer la première ligne, car ces séquences ne vous apportent pas d’information : on ne sait pas s’ils appartiennent au groupe d’étude ou groupe extérieur.

Bon travail,
Emese Meglecz

Bonjour Madame, 

J'ai changé mon groupe d'étude et mon groupe exterieur. 

J'ai de nouveau fait un arbre mais j'ai un autre problème, j'ai "reussi" à séprarer mes deux groupes sur l'arbre avec NEWICK, cependant sur le nouvel arbre il me reste une séquence (BPARR1 evaleur 2e-134) et la séque,ce de mon ORF qui reste "à l'intérieur" de mon groupe exterieur. 

Ai je mal enraciné mon arbre ? Car ces deux séquences sont déja à l'exterieur de mon groupe d'étude avant même de changer la racine ?

Est ce encore un problème de mauvais groupe d'étude ?

Cordialement 

Maëlle Jarnoux 

Bonjour Maëlle,

Oui, je vois le problème. En fait, vous avez que 2 séquences qui ressemblent fort à l’ORF : une Rhodobacterales et une autre Alphaprotéobactérie. Les autres séquences des photobactéries sont nettement plus éloignées.

Vous avez deux options.

1.    Vous pouvez essayer d’interpréter cet arbre avec d’énormes précautions. Regardez bien les positions des différentes familles (Rhodobacteraceae, Roseobacteraceae …) et soyez très critique sur les données disponibles dans les BDD. C’est un exercice difficile, mais faisable. Faites attention de n’est pas surinterpréter les résultats (être trop spécifique).

2.    Tentez une autre séquence. Oui, je sais, c’est démotivant, mais tenter d’annotation de plusieurs séquences fait partie du processus. Chaque cas est unique, et vous apporte une expérience différente.

Courage,
Emese Meglecz

Merci pour vos réponses. Je vais probablement essayer d'annoter une nouvelle séquence.

Encore merci,

Maëlle Jarnoux

Bonjour Madame, 

Je me permets de vous renvoyer un message sur ce forum car j'ai reussi a séparer mes deux groups dans l'arbre. Cepedant mon ORF fait partie de mon groupe exterieur. 

Puis je quand même l'interpréter ou dois je recommencer une nouvelle séquence ?

Cordialement 

Maëlle Jarnoux 

Bonjour Maëlle,

Vous n’avez pas inclus dans l’arbre des deux meilleurs hits, car ce sont les séquences environnementales et on a une doute sur leurs provenances. C’est bien.

Le problème, c’est que tous les autres hits – peu importe leurs groupes taxonomiques - ont des Evaleurs très proches. Ce qui vous empêche de définir un groupe d’étude. Il sera extrêmement difficile à conclure sur l’origine de l’ORF.

Si vous utilisez la même idée pour la séquence OMRGCv2_10384210 (ignorer les quelques meilleurs hits et élargir le groupe d’étude) il est possible que vous ayez un arbre interprétable, car la variation des Evaleur est un peu plus importante pour cette séquence. Attention, quand vous définissez le groupe d’études, ne l’utilisez pas les Evaleur des hits que vous avez ignorés.

Si l’arbre est interprétable, pensez à bien expliquer la logique à ignorer les meilleurs hits et de choix de groupe d’étude.

Courage,
Emese Meglecz