Bonjour,

certains d'entre vous ont été confrontés hier, ou même aujourd'hui, à des soucis avec l'outil TaxReport (un Tax Report aberrant / à un Tax Report réalisé précédemment), la sélection des séquences des groupes d'étude et externe pour laquelle vous aviez peut-être des messages d'erreur qui apparaissaient à la fin, et peut-être des séquences totalement aberrantes (très courtes, hypothétiques ou de fonction totalement différentes à la fonction attendue, correspondant en fait, à des séquences non-homologues), ou peut-être même un message d'erreur avec Gblocks qui vous disait qu'il n'y avait aucune position conservée !

 

Tous ces soucis étaient liés à un problème avec la BDD locale interrogée par l'outil TaxReport (dû à des changements de format de fichiers au NCBI), et du coup, lors de la procédure de sélection de séquences, vous récupériez, sans le savoir, des séquences complètement aberrantes et non homologues. L'alignement multiple était donc aberrant, et Gblocks ne pouvait pas identifier de positions convenablement alignées.

 

Le problème a été fixé tout à l'heure, et est (normalement) réglé.

 

Pour tous ceux d'entre vous qui avez été confrontés à de tels soucis, il faut mettre votre dernière sélection de séquences à la poubelle (elle contient effectivement des séquences non homologues), et recommencer cette sélection.

 

Relancez le TaxReport avec votre résultat de Blast. Refaites votre sélection de séquences des groupes d'étude et externe, puis relancez l'alignement multiple.

 

Nous sommes désolés pour ces désagréments totalement indépendant de notre volonté !

 

Le problème a normalement été réglé.

Donc prévenez-moi SI JAMAIS vous rencontriez encore les mêmes soucis après avoir refait une nouvelle sélection de séquences. Mais cela ne devrait plus être le cas.

 

Bon travail,

Bien cordialement,

BW