bonjour,

j'ai quelques questions,

1) j'ai enfin trouvé un ORF qui correspond au critères, celui ci a pour chaque cadre de lecture plus de 10 ORF, est ce qu'il est obligatoire de renseigner les informations demandés sur chacun de ces ORF? (en dehors de l'ORF avec lequel j'ai choisit de travailler bien sur) ?

2) par rapport aux fonctions trouvées, j'ai deux fonctions assez importante qui reviennent mais malgrès mes recherches sur quickGo je ne suis pas sur d'avoir compris si elles étaient bien des fonctions homologues, et j'aurais aimé avoir confirmation avant de continuer ( ou des indications dans le cas ou elles ne sont pas homologues); il s'agie des séquences GO:0043955 et GO:0016208 sur quickGo.

3) enfin, pour le choix de division de taxonomie entre le groupe d'étude et le groupe extérieur, j'ai du mal à choisir car la e-valeur  de Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rhodobacterales,  et la valeur de Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria sont tutes les deux 0.0 alors que j'aurais voulu choisir le groupe alpha comme groupe d'étude et les groupes gamma et autres comme groupe exterieur; comment puis faire si je ne peux pas prouver de différence de grandeur entre leur E-valeur?

Merci Beaucoup

1) Est ce qu'il est obligatoire de renseigner les informations demandés sur chacun de ces ORF? (en dehors de l'ORF avec lequel j'ai choisit de travailler bien sur) ?

--> Il faut les classer comme "known", "novel", etc., ce qui demande de voir le nombre d'alignements Blast pour chacun d'entre eux.

2) par rapport aux fonctions trouvées, j'ai deux fonctions assez importante qui reviennent mais malgrès mes recherches sur quickGo je ne suis pas sur d'avoir compris si elles étaient bien des fonctions homologues.

--> Je ne peux pas répondre pour toi, mais cela dit, "lier l'AMP" n'est pas une fonction et il y a aussi AMP dans l'autre Go terme ... ;)

3) Comment puis faire si je ne peux pas prouver de différence de grandeur entre leur E-valeur?

--> Normalement pour traiter des valeurs à 0 tu dois raccourcir ta séquence requête. Comme tu as peu de temps ici, tu peux toujours comparer les scores (moins fiable que les E-valeur) ou choisir les Proteobacteria comme groupe d'étude en espérant avoir une séparation plus précise au niveau de ton arbre.

Bonne chance pour cette dernière ligne droite !

Merci pour votre réponse!

Qu'est ce que cela voudrait dire de raccourcir la séquence? j'ai le droit de la tronquer moi meme arbitrairement? 

Autrement, à quoi se réferre le score? c'est le nombre de hits?

La solution de choisir les probactérias comme groupe d'étude n'est pas déconseillé? puisque cela voudrait dire que le groupe d'étude dépasse le nombre conseillé de maximum 30 séquences et de plus la E-valeur du groupe extérieur, les bactéroitèdes est aussi de 0.0.

Les scores, ce sont ces valeurs (en jaune ci-dessous) dans le rapport taxonomique, juste à gauche des E-valeurs. Plus le score est haut, plus l'E-valeur est faible.

Je ne connais pas les modalités du raccourcissement de séquence, j'imagine qu'il faudrait tester jusqu'à ce que le problème d'E-valeur à 0 disparaisse.

Concernant la limite de 30 séquences, cela n'a pas d'influence sur ton choix de groupe extérieur. Tu peux très bien choisir "bacteria" comme groupe, et piocher juste 30 séquences représentatives dans ce grand ensemble.

Je ne peux pas t'aiguiller davantage dans ton choix vu que c'est la difficulté du travail demandé, mais avec ces outils tu auras déjà de quoi faire des tests, et tu verras selon ton arbre quelle décision est préférable.

Merci beaucoup Anaise pour ton aide!!!

tes explications sont très clairs! merci encore

Je t'en prie, bon courage !