Bonjour,

 

Je n'arrive pas à choisir mon groupe d'étude et mon groupe extérieur.

Selon la clasification, je pensais choisir Flavobacteriia comme groupe d'étude et Bacteroidetes comme groupe extérieur, mais selon l'arbre de la FAQ et la vidéo explicative, j'ai des doutes sur mes choix.

Pouvez vous m'aider?

Merci d'avance

 

Léa ELBEZE

Bonjour Léa,

 

Si tu te bases sur le rapport taxonomique visible actuellement dans ton rapport, il y a un problème car tu as beaucoup d'E-valeurs à 0 un peu partout, donc tu ne pourras pas choisir de groupe d'étude ou de groupe extérieur vu que cela se fonde sur une différence d'E-valeur. D'autres sujets dans le forum donnent des pistes pour éviter ça (réduire la longueur de ta séquence par exemple). Peut-être qu'après ces rectifications le choix de ton groupe t'apparaîtra plus clairement.

 

Bonne chance.

Merci beaucoup Anais pour ton aide !

 

J'ai regardé sur le forum et 2 solutions sont proposées: j'ai essayé de faire une recherche dans refseq_protein mais ca n'a pas marché, il y avait écrit erreur.

Pour la deuxième solution de combien devrais-je raccourcir la séquence à ton avis ?

J'hésite à abandonner cette séquence, ça me parait bizzare de ne pas avoir de résultat en utilisant refseq_protein...

 

Merci beaucoup

Léa

 

Bonjour Léa,

Essayez avec 300 aa pour le BLAST.

En effet, ne pas avoir de résultats dans Refseq est très bizarre. Je suspecte une erreur de manipulation.

Bon courage,
Emese Meglecz

Vérifie si tu n'avais pas par hasard coché "refseq_select" au lieu de "refseq_protein", ça m'est arrivé une fois.

Bonjour,

 

Merci pour vos réponses!

 

J'ai essayé de refaire BLAST avec refseq_protein et finalement j'ai eu des résultats, c'était bien une erreur de manipulation!

Par contre mon catalogue des fonctions des protéines alignés par BLASTp contre refseq_protein est très petit...

 

Table 3: Catalogue des fonctions des protéines alignées par BLASTp contre Refseq_protein

Definitions	nb lines	min E-value	max E-value
sulfatase-like hydrolase/transferase	3104	0.0	4,00E-45
sulfatase	708	2,00E-73	4,00E-45
arylsulfatase	1139	2,00E-70	4,00E-45
hypothetical protein	5	6,00E-65	1,00E-46
arylsulfatase A	26	8,00E-51	4,00E-45
arylsulfatase A-like	16	2,00E-50	4,00E-45
family 20 glycosylhydrolase	1	4,00E-49	4,00E-49
arylsulfatase A precursor	1	3,00E-46	3,00E-46

 

Est-ce un problème ?

 

J'ai continué jusqu'à la classification de TaxList

Voici mon tableau:

 

Classification	nb lines	nb hits	min E-value	max E-value
Bacteria:Verrucomicrobia:Verrucomicrobiae:Verrucomicrobiales	22	197	0.0	2e-45
Bacteria:Verrucomicrobia:Opitutae:Puniceicoccales	7	82	4e-175	6e-48
Bacteria:Verrucomicrobia:Opitutae:Opitutales	2	6	5e-55	6e-47
Bacteria:Verrucomicrobia	8	192	2e-80	2e-56
Bacteria:Verrucomicrobia:Spartobacteria:Chthoniobacterales	2	6	2e-47	3e-46
Bacteria:Planctomycetes:Planctomycetia:Pirellulales	62	1028	2e-179	3e-46
Bacteria:Planctomycetes:Planctomycetia:Planctomycetales	32	724	7e-179	8e-47
Bacteria:Planctomycetes:Planctomycetia:Isosphaerales	14	87	8e-98	2e-48
Bacteria:Planctomycetes:Planctomycetia:Gemmatales	9	45	1e-70	7e-46
Bacteria:Planctomycetes:Phycisphaerae:Tepidisphaerales	1	11	7e-121	7e-121
Bacteria:Planctomycetes:Phycisphaerae:Sedimentisphaerales	4	49	3e-92	3e-51
Bacteria:Planctomycetes	1	7	2e-56	2e-56
Bacteria:Planctomycetes:Phycisphaerae:Phycisphaerales	1	6	2e-45	2e-45
Bacteria:Lentisphaerae:Lentisphaeria:Lentisphaerales	2	76	3e-179	9e-144
Bacteria:Kiritimatiellaeota:Kiritimatiellae:Kiritimatiellales	4	196	1e-170	1e-45
Bacteria:Bacteroidetes:Cytophagia:Cytophagales	175	1185	2e-163	3e-45
Bacteria:Bacteroidetes:Bacteroidia:Marinilabiliales	28	260	1e-103	1e-45
Bacteria:Bacteroidetes:Sphingobacteriia:Sphingobacteriales	80	214	4e-101	4e-45
Bacteria:Bacteroidetes:Flavobacteriia:Flavobacteriales	251	1712	6e-98	4e-45
Bacteria:Bacteroidetes:Saprospiria:Saprospirales	12	48	3e-92	3e-46
Bacteria:Bacteroidetes:Bacteroidia:Bacteroidales	39	185	2e-68	2e-45
Bacteria:Bacteroidetes:Chitinophagia:Chitinophagales	39	95	6e-54	2e-45
Bacteria:Balneolaeota:Balneolia:Balneolales	2	5	3e-103	3e-59
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Alteromonadales	68	224	5e-102	3e-45
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Chromatiales	6	12	7e-64	1e-49
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Cellvibrionales	14	33	2e-59	2e-45
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria	3	5	2e-56	2e-48
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Enterobacterales	125	546	1e-55	4e-45
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Nevskiales	1	1	2e-54	2e-54
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Oceanospirillales	4	13	1e-52	5e-47
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Vibrionales	3	8	5e-50	1e-48
Bacteria:Proteobacteria:Gammaproteobacteria:Pseudomonadales	2	5	4e-48	8e-46
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Parvularculales	2	13	8e-61	6e-47
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Hyphomicrobiales	39	72	4e-59	4e-45
Bacteria:Proteobacteria:Betaproteobacteria:Burkholderiales	55	144	7e-58	3e-45
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Caulobacterales	1	1	8e-54	8e-54
Bacteria:Proteobacteria:Epsilonproteobacteria:Campylobacterales	1	2	1e-52	1e-52
Bacteria:Proteobacteria:Deltaproteobacteria:Desulfobacterales	1	1	2e-52	2e-52
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rhodospirillales	15	49	2e-51	4e-45
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Hyphomonadales	5	8	4e-51	1e-47
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Sphingomonadales	21	43	1e-49	4e-45
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria:Rhodobacterales	3	4	1e-48	2e-45
Bacteria:Proteobacteria:Alphaproteobacteria	1	1	3e-46	3e-46
Bacteria:Firmicutes:Bacilli:Bacillales	73	149	2e-64	3e-45
Bacteria:Firmicutes:Clostridia:Clostridiales	10	16	8e-54	9e-46
Bacteria:Rhodothermaeota:Rhodothermia:Rhodothermales	2	3	1e-60	2e-48
Bacteria:Acidobacteria:Acidobacteriia:Bryobacterales	6	16	1e-59	2e-45
Bacteria:Acidobacteria:Acidobacteriia:Acidobacteriales	7	14	2e-53	1e-45
Bacteria:Cyanobacteria:Pleurocapsales:Hyellaceae	1	1	2e-57	2e-57
Bacteria:Cyanobacteria:Oscillatoriales:Oscillatoriaceae	3	5	6e-53	4e-45
Bacteria:Cyanobacteria:Chroococcales:Chroococcaceae	2	5	1e-51	4e-48
Bacteria:Cyanobacteria:Nostocales:Aphanizomenonaceae	1	2	2e-51	2e-51
Bacteria:Cyanobacteria:Nostocales:Scytonemataceae	6	9	3e-51	2e-45
Bacteria:Cyanobacteria:Nostocales:Hapalosiphonaceae	3	3	7e-51	2e-48
Bacteria:Cyanobacteria:Oscillatoriales:Cyanothecaceae	1	1	5e-49	5e-49
Bacteria:Cyanobacteria:Nostocales:Calotrichaceae	1	2	5e-49	5e-49
Bacteria:Cyanobacteria:Nostocales:Tolypothrichaceae	1	1	7e-48	7e-48
Bacteria:Cyanobacteria:Nostocales:Nostocaceae	1	1	2e-45	2e-45
Bacteria:Armatimonadetes:Armatimonadia:Armatimonadales	1	2	2e-57	2e-57
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Micrococcales	14	23	7e-57	3e-45
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Propionibacteriales	8	20	7e-56	2e-45
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Pseudonocardiales	2	5	3e-55	4e-48
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptomycetales	16	44	3e-55	1e-48
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Streptosporangiales	5	7	7e-48	5e-46
Bacteria:Actinobacteria:Actinobacteria:Jiangellales	3	5	6e-48	4e-47
Bacteria:Chloroflexi:Caldilineae:Caldilineales	1	2	3e-52	3e-52
Bacteria:Chlorobi:Chlorobia:Chlorobiales	1	1	8e-51	8e-51
Bacteria:Gemmatimonadetes:Gemmatimonadetes:Gemmatimonadales	1	2	5e-49	5e-49
Eukaryota:Oomycetes:Saprolegniales:Saprolegniaceae	2	4	4e-54	5e-53
Eukaryota:Chordata:Actinopteri:Characiformes	2	2	8e-51	2e-48
Eukaryota:Chordata:Actinopteri:Anguilliformes	1	1	2e-50	2e-50
Eukaryota:Hemichordata:Enteropneusta:Harrimaniidae	1	1	2e-49	2e-49
Eukaryota:Chordata:Actinopteri:Blenniiformes	2	2	3e-49	9e-46
Eukaryota:Chordata:Actinopteri:Perciformes	2	2	4e-49	4e-47
Eukaryota:Echinodermata:Crinoidea:Comatulida	1	4	6e-49	6e-49
Eukaryota:Chordata:Actinopteri:Cichliformes	6	8	8e-49	2e-47
Eukaryota:Chordata:Actinopteri:Siluriformes	1	1	1e-48	1e-48
Eukaryota:Chordata:Actinopteri:Synbranchiformes	1	3	4e-48	4e-48
Eukaryota:Chordata:Amphibia:Anura	1	1	5e-48	5e-48
Eukaryota:Chordata:Actinopteri:Gobiiformes	1	1	8e-48	8e-48
Eukaryota:Chordata:Actinopteri:Pleuronectiformes	2	5	1e-47	1e-47
Eukaryota:Chordata:Actinopteri:Kurtiformes	1	1	1e-47	1e-47
Eukaryota:Chordata:Actinopteri:Ambassidae	1	1	1e-47	1e-47
Eukaryota:Chordata:Actinopteri:Cypriniformes	3	4	1e-46	3e-46
Eukaryota:Chordata:Actinopteri:Cyprinodontiformes	1	1	1e-46	1e-46
Eukaryota:Chordata:Actinopteri:Beloniformes	1	1	2e-46	2e-46
Eukaryota:Chordata:Actinopteri:Salmoniformes	1	1	2e-46	2e-46
Eukaryota:Chordata:Amphibia:Gymnophiona	2	6	2e-46	3e-45
Eukaryota:Echinodermata:Echinoidea:Camarodonta	1	2	2e-45	2e-45
Eukaryota:Chordata:Actinopteri:Clupeiformes	1	2	4e-45	4e-45
Archaea:Euryarchaeota:Halobacteria:Halobacteriales	2	2	2e-49	4e-46

 

Mon groupe d'étude serait Verrucomicrobia:Verrucomicrobiae:Verrucomicrobiales et groupe extérieur Planctomycetes ?

 

Merci d'avance

Léa

 

Bonjour Léa,

 

"Par contre mon catalogue des fonctions des protéines alignées par BLASTp contre refseq_protein est très petit"

 

C’est plutôt une bonne nouvelle : les annotations des différentes séquences sont similaires.

 

"Mon groupe d'étude serait Verrucomicrobia:Verrucomicrobiae:Verrucomicrobiales et groupe extérieur Planctomycetes ?"

Je pense que vous êtes un peu trop restrictive pour déterminer le groupe d’étude. Les Bacteria:Verrucomicrobia:Opitutae:Puniceicoccales ont aussi de très bonne Evaleurs

Pour le choix de groupe extérieur, je vais mettre demain en ligne 2 vidéos qui vont vous aider.

Bon travail,
Emese Meglecz