Bonjour Mme Meglecz, je viens vers vous concernant les résultats que j'ai obtenu avec mon arbre newick. 

Je voulais savoir si le fait que les Pelagibactraceae (appartenenant aux Pelagibacterales) soit à l'extérieur du groupe contenant le reste des alphaprotéobactéria, et des autres pelagibacterales comme les Candidatus Fonsibacter était possible ? 

Pourrais je supposer qu'il y a eu une duplication du gène puis une mutation ? 

Je voulais ensuite savoir s'il était préférable que j'élargisse mon groupe d'étude aux alphaprotéobactéries pour pouvoir affirmer que mon ORF appartient au groupe des alphaprotéobactéries. Si oui dois je changer le groupe d'étude que j'ai indiqué dans rapport taxonomique, ou bien dois je ajouter que j'ai décidé d'élargir mon groupe d'étude suite au résultats donnés par mon arbre Newick ? 

Bonne continuation, 

Candice 

Bonjour Candice,

Tout va bien, il suffit d’enraciner votre arbre.

La majorité des constructions phylogénétiques créent des arbres non enracinés. Pour pouvoir les afficher en format rectangulaire, on utilise une méthode automatique pour placer la racine. Néanmoins, cette méthode est peu fiable. Pour cette raison, on inclut des séquences de groupe extérieur. Cela nous permet de réenraciner l’arbre « manuellement » : il faut placer la racine entre le groupe extérieur et le groupe d’étude. C’est cette dernière étape qui vous manque.

Re-regardez la vidéo sur la construction des arbres. Les explications techniques sur l’enracinement commencent vers 6 min.
https://amupod.univ-amu.fr/video/2352-construction-de-larbre-phylogenetique/

N’hésitez pas à me recontacter, si vous n’arrivez pas enraciner l’arbre correctement.

Bon travail,
Emese Meglecz

Merci pour votre réponse, en effet j'essaie d'enracuner l'arbre mais rien de change lorsque je rentre les deux branche au niveau des quelles je veux faire mon enracinement. Je n'ai peut être pas rentré les bonnes séquences pour enraciner mais j'ai beau tenter plusieurs combinaisons possible, je ne parviens pas à trouver la bonne. 

La première que j'ai essayé et qui me semblait être la plus probable était : 

BPAR1-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Rickettsiales 

BPAPP2-Bacteria-Proteobacteria-Alphaproteobacteria-Pelagibactera

En vous remerciant pour votre aide, 

Candice Canonne 

Re bonjour Candice,

En effet, vous n’avez pas bien choisi les séquences. Une fait partie du groupe d’étude, l’autre du groupe extérieur. Il faut choisir deux séquences pour qu’elles délimitent SOIT le groupe d’étude, SOIT le groupe extérieur :  celui, qui ne contient pas la racine dans l’arbre original. Dans votre cas, c'est le groupe extérieur.

1.    Identifiez le nœud qui représente l’ancêtre le plus récent de toutes les séquences du groupe extérieur.
2.    Identifiez les deux clades qui sont séparés à ce nœud (les deux branches qui en descendent).
3.    Prenez une séquence de chacun de ces deux clades.
4.    Utilisez-les pour l’outil http://annotathon.org/outils/nw_utils.php

Dites-moi, si vous avez besoin des pistes supplémentaires.

Bon courage,
Emese Meglecz

J'ai compris ! Ca y est ça fonctionne ! 

Merci infiniment ! 

Bonne fin de journée, 

Candice