Bonjour,
Dans la table 3, "le nombre de protéines alignées" est le nb total de résultats obtenus avec le blast effectué.
Dans l'onglet "Description", en haut de la liste des séquences cibles obtenues, vous avez : "select All", suivi du nb de résultats obtenus.
La e-value seuil, est la e-value qui sépare les séq homologues des séq non homologues OU qui sépare les séq homologues de la zone d'ombre (mélange de séq homologues et non homologues). Pour la définir :
- Soit vous avez un saut de e-value entre e-value d'environ e-10 (ca peut être -12, -15, ...) et la fin du résultat du blast (attention le passage de e-4 et 0,001 n'est pas un saut de e-value : 0,001 => e-3). ATTENTION, ce saut de e-value n'est pas systématique, vous pouvez ne pas en avoir. Ce saut de e-value est souvent fréquent dans le résultat du blast vs Swissprot (cf nb de résultats plus restreint dans cette base de données, car nb de séq plus faible dans cette BDD), beaucoup plus rare pour le blast vs NR.
- Sinon, il faut se baser sur la rupture de fonction, le changement de fonction (cf table 4).
Dans le résultat du blast vs SP, le saut de e-value que vous identifiez doit-etre accompagné d'un changement de fonction. Si vous avez de nbx résultats dans le blast vs SP vous pouvez aussi établir la table 4 (faire une table 4bis) pour vous aidez à identifier un changement de fonction.
Dans le résultat du blast vs NR, vérifiez d'abord quelle est la e-value du dernier résultat : que signifie cette e-value ? cette séquence est-elle encore homologue ou non ? Donc, pouvez-vous définir ce seuil ? ou ce seuil se trouvera-t'il au delà de votre e-value maximale ?
Si votre dernier résultat ne correspond plus à une séquence homologue, alors la définition du seuil est indispensable. Il faut faire la table 4, pour identifier un changement de fonction => ce changement de fonction vous permettra de définir le seuil.
Bon travail,
BW