Bonjour,

on rencontre des soucis pour la constitution de l'arbre, on avait choisit lors de la première évaluation: les bactéries comme groupe d'étude et les archaea comme groupe externe, mais cela était trop large.

on a suivi votre conseil en choisissant les Rhodobacterales comme groupe d'étude mais on rencontre toujours des problèmes

Que faire?

Merci d'avance.

Bonjour,

GE = bactéries était effectivement trop large, vous pouviez être plus précis => en l'occurence Rhodobacterales, oui.

Groupe externe : archaea était un mauvais choix. De plus, votre sélection de séq n'était pas pertinente, puisque vous n'aviez que des séq euK, et non d'archaea.

Quel est le type de problème que vous rencontrez ? soyez plus précis, sinon je ne peux pas vous aider.

BW

Re bonjour,

Pour la seconde évaluation nous avons choisis comme groupe d'étude les Rhodobacterales et comme groupe externe tous les autres alpha, mais les deux groupes ne sont pas distincts en plus des multiples chevauchements rencontrés.

cordialement .

Bonjour,

Choix GE et externe bon.

"mais les deux groupes ne sont pas distincts en plus des multiples chevauchements rencontrés."

==> je ne peux pas vérifier votre sélection des séq, étant donné que cette partie n'a pas encore été modifiée dans votre formulaire.

"mais les deux groupes ne sont pas distincts"

==> il n'y a probablement rien d'anormal : cf document phylogénie sur ametice (cas difficiles d'interprétation)

==> et cf règles du jeu:

Cohérence avec la phylogénie des espèces de référence
    -> Les groupes d'étude et extérieurs sont-ils bien séparés?
    -> vos arbres phylogénétiques de gènes sont-ils cohérents avec les arbres des espèces ("arbre de la vie")? Est-ce que vous retrouvez les différents groupes taxonomiques (ou sous-groupes) de la taxonomie de référence ? 
    -> repérez tout écart avec la phylogénie de référence, et proposez des hypothèses (HGT, duplication de gènes...)

Bon travail,

BW