Nous avons effectué un blastp contre nr pour notre ORF et très peu d'homologie en sont ressorties, avec que des
hypothetical protein. Nous avons quand même effectué un alignement multiple avec les sequences possedant les
scores les plus élevés et avons pros les ascomycètes comme groupe exterieur (notre groupe d'etude sont les
proteobactria). Mais lorque nous génerons l'arbre selon la methode NJ, les 2 organismes de notre groupe exterieur
entoure notre groupe d'étude, c'est à dire que nous avons une configuration en "rateau". (je vous envoi une
copie de notre arbre pour que vous compreniez mieux ainsi que notre alignement multiple).
Doit on garder les mêmes groupes, pouvons nous conclure quelque chose à partir d'un arbre tel que celui-la?

Doit-on prendre les cyano dans notre groupe d'étude?






CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


2Trichodesmium      -------MKKLHNLAINLGLILGTLIFTLTVGEIGLRIAGIKHPAPRKD----ADENPLH
3Trichodesmium      MENLAEKINKLQNFVVNLGIIIATFTFVVIVGEIGLRIAGIEHLPPPRTD-EKSESKSLY
Lyngbya2            MSTGEKMTKNLKPLIINLGLVCGSFILAIFIGEIGLRVAGIEAPLPPDP----ESETLAY
Lyngbya             -------MGKRKAWILNLGLTLGSVFFGVFIGEIGLRLAGIEGLKKLPQPGHGNFSPSFY
Trichodesmium       -------MIKLKTWAVNIGMIFASLFVGIAMAEVAVRIAGLKGLKKMPESTHAEFYPTFH
Desulfococcus       ----------MRSFIKIFAAWLFVFCLMLMGAEIALKIGGVQPWRHTLHQVKTYIRGPVM
ORF_FB23340         ---------------------------------VFLRFLGYRNFTPNVY-----LNEHPT
Roseovarius         -----------------------------------MPFSHLETRKIVSK-------PRLM
                                                       : .   .                  

2Trichodesmium      TFQDLYRGWAGKP--HGKGLWKEEGVPSEIKMNSAGFRDYERSKNKPENGLRIALLGDSY
3Trichodesmium      TSKDPNRGWAGNS--NATAFWTGEGIPSELKMNSGGFRDYERSKNKPENGLRIALLGDSF
Lyngbya2            RVDDPDRGWAPRA--NAVTVWAGEGERTGVQMNSSGMRDQERTVNKPENTYRIAFLGDSF
Lyngbya             TMSHPDLGWTNRP--GASGWWRQEG-EAYIKINIEGLRDEIYPKTKGKDTVRIAVLGDSF
Trichodesmium       TIPHPVRGWEYRA--NVSGWWTSEG-KAYLEFNSHGIRGPEITKAKPKNTLRIAVLGDSF
Desulfococcus       HMEDAGLGWKNMPGRHVHPGYSDLTGPVITTFLANGER-ITRPSSKTGGPYHVLLLGGSL
ORF_FB23340         MIYDSSLGWKNQPGEYIFGKYNEVDPGPTFNFLADGRRKTSIYPIKTDK--KILVIGCSY
Roseovarius         FRPDPVLGWRLSP---EHTVRVAFRSGIFQNIAADGWR--YVPGSQTAQGPRVAIYGCSF
                       .   **   .                  :   * *       :     :: . * *

2Trichodesmium      TEALQVKLEDTYGAIMEEKLQQCPVLKNRKVEVMNFGVSGYSTAQELMTLRYH--VWDYQ
3Trichodesmium      TEAVHVKLEDTYGAIIEQNLQQCPDLKDQKVEVMNFGVQGYGTAQELMTLRHH--VWDYS
Lyngbya2            VEAIHVPLEYTAAAIMEDKLAECSVLNGKNVEVLNFGVQGYGTAQELMTLRHH--VWQFS
Lyngbya             TLAVQVDVEQTYWSTIEKELQNCAELQGKKVEVMNFGVDGYGTAQELLMLREK--VWDYN
Trichodesmium       TSAVQVSYQQTFVGVMQKELQKCTNLKNKKVEVINFGVDGYGTAQQLLTLREK--VWDFQ
Desulfococcus       TYGRALSDEDTFAWQLQEMLP--------EADIRNFGCDGYGTYQSLLLLEHLT-TQSPA
ORF_FB23340         TQGWAISNNETYSWRLQELLK------SKGVEVLNYGVGGYGTYQSLLMLKEINKTLKVS
Roseovarius         TYGTGLSDDETFTALLQRDMLG--------VQILNRGIGGHGTVQNLLQLRRD--IAAGT
                    . .  :  : *    ::  :          .:: * *  *:.* *.*: *.        

2Trichodesmium      PDLVMLAFYAGNDLSNNSPSLEHDHLRPYFVYKDGQLVADMSFRNLKFWQRNRYAFSLVD
3Trichodesmium      PDLVILAFYAGNDIRNNYRPLDHDHLRPYFVYKNGQLESDMSFRTMKPWERGRYVFSMVD
Lyngbya2            PDLVLLGFYPGNDIRNNYKPLEHDHFRPYFTLENGEWVIDNSFQDLTQLERDYYSTSRLD
Lyngbya             PDIVILSFFIGNDIIDNSAQLESNHYRPFFVYKDGELVPDYSFRNLSLEHSDRYWITAVD
Trichodesmium       PDIVLLAFFIGNDVTDNSRKLENNHYRPFFIYKNDKLELDLSFRELTISQANRYMITTVD
Desulfococcus       PDLVIYGFFDDHENRN-----------------------VAAFSHLRMLAEYALQTRKTV
ORF_FB23340         PELIIYGFYDHHDERN-------------------------VATLDWMYSLNKSASRNHI
Roseovarius         MDAAVFAMISDHRFRN-----------------------IAHPQRMRQYLSEDWYKLRVE
                     :  : .:   :   :                                            

2Trichodesmium      FLPFWLVKNSRIMQLIRKVDIDAKRRQYNKDYREINIDFYKEPKPNSDWSETWEVTEGLI
3Trichodesmium      ILPIWLVRNSRILQLIRKVDMDYKQSQFLNYNGQTIISFYREPESNSDWDKGWQVTEGLI
Lyngbya2            YLPRWLLENSRILQLIRQAEATAKQRQFEQDYEQTNINFYKEP-PDENWEEAWKITEGLI
Lyngbya             RLPSGLVNHSRILQVAKKAERDLKQKNLLQHLNKLNAKNFREP-TDPVWQEAWNITEDLI
Trichodesmium       KLPTWLINNVRILQIIKKVETDQRKRNAARHFEKLQANNFREP-RNLAWQEAWKITDELI
Desulfococcus       AVPYCTIQHNGTLTRHPPTHYPFFSLREHSALLTLAQASLLKWRLSSRTRQKRVVTEKLL
ORF_FB23340         YVPYVNLDEHDNLIYNKPSKLTTFFGRNIFVSVYSIEKLILRFFYKNRRDDKITVTKKLI
Roseovarius         HVPVARFDGKGQIQIVYREIWQPALRDVEFGVFLPDDHMINLATCAVLGMVCETAKAASI
                     :*   .     :                                          .   :

2Trichodesmium      KLMRDEVYEKKADFMMITVSHSSQVLPDIQQRNNLKKSLNVSNLFYPDIRLKNFGKKENI
3Trichodesmium      TLMRDEVYKNRADFMIIAISDSHQVHPDLEYREKFKNAHNLSDLYYPDRRIEAFGKQENI
Lyngbya2            TLIQDEVKQQGVDFMVFTISDSYQVHPQPDKRQEFMEKYDIQDLFYPDKRIQALGEREDF
Lyngbya             TLMNQEVQQKNAEFLLVTIADPMQVHPNPAFRQSFMDTYQIEDLFYPDKRLQKLSDREGF
Trichodesmium       GIMAKEVQEKGAEFQLATVMTPMQIHSNKGWREGYMKIMDIQDWSYPTKRLQNLGEIHNF
Desulfococcus       LQMKETCRKNGAEFIVIFLQANPPGYHQYRAFLKQHAIDSLDGRLPLTDRLRVPGEGHPN
ORF_FB23340         YEMNNFVEKEMNSKLLIVNLQKSQNYDYEKALKDSISFLDARTSNTNKRGWFVEGDGHPN
Roseovarius         PLQIVLLDALDPDFNSAVFSRFPEATDISNPHDRDHTFLPRDIHPNARANSLFADRLQPL
                                .                                         .  .  

2Trichodesmium      PVYNLAGPIWDEAKKTGKCFHGFDNALPCGGHWNVEGHKLVGEIMANYFCDKYTIPKSFV
3Trichodesmium      PVYILAGQLGDKAKKTGKCLYGFDNGEPCGGHWNIEGHKFVGEVMSNYLCDQYKLEKYSD
Lyngbya2            TVFRLAEPLQKVAEEKGECLHGFENAFPCEGHWNRDGNRVAAELMSNQICQQITSQQQVK
Lyngbya             PVLNLAEPFQTYSEENQVCLHGFEKAVPCAGHWNPDGHQFAGKLIANQLCQQVKK-----
Trichodesmium       YVIDLIKPFDDYIEKNPVCFHGFKNTAMCTGHWNATGHKLAGEIIAKKSCQRF-------
Desulfococcus       ---ALANRFWAEVLVPIILDRIASEGTKPSVGKSLRGKAVGSNGIRPGTARATFGN----
ORF_FB23340         ---QRMNNYWAEGDLRI-------------------------------------------
Roseovarius         IRRLIGADLGRRSDP---------------------------------------------
                                                                                

2Trichodesmium      RKKM--
3Trichodesmium      SK----
Lyngbya2            KQNKTP
Lyngbya             ------
Trichodesmium       ------
Desulfococcus       ------
ORF_FB23340         ------
Roseovarius         ------



Neighbor-joining method

Negative branch lengths allowed


  +----------------------------------------------------Magnaporth
  !
  !                            +------------Desulfococ
  !                      +-----2
  !               +------3     +----------------ORF_FB2334
  !               !      !
  !               !      +-------------------------Roseovariu
  1---------------4
  !               !         +-----Trichodesm
  !               !         !
  !               +---------8     +------Lyngbya2  
  !                         ! +---6
  !                         ! !   !   +----2Trichodes
  !                         +-7   +---5
  !                           !       +---3Trichodes
  !                           !
  !                           +------Lyngbya  
  !
  +----------------------------------------Aspergillu



Protein parsimony algorithm, version 3.6a2.1



One most parsimonious tree found:




  +--------------------------Aspergillu
  !  
  !                       +--Magnaporth
  !                    +--9  
  !                 +--7  +--Roseovariu
  8                 !  !  
  !  +--------------6  +-----ORF_FB2334
  !  !              !  
  !  !              +--------Desulfococ
  !  !  
  +--5                 +-----Lyngbya2  
     !           +-----4  
     !           !     !  +--3Trichodes
     !           !     +--3  
     +-----------2        +--2Trichodes
                 !  
                 !        +--Trichodesm
                 +--------1  
                          +--Lyngbya  

Le graphique de l'arbre est très bien, puisque vous pouvez remarquer qu'une branche sépare bien votre groupe extérieur du groupe d'étude (dans l'arbre NJ tout au moins).
Il s'agit de la branche reliant les noeud 1 et 4.
Par contre n'oubliez pas de justifier pourquoi vous avez choisi deux champignons comme groupe extérieur alors que votre groupe d'étude est les protéobactéries.

Céline Brochier