original
30 Nov 2007 17:26
Contribution: Pertinent |
Bonsoir,
Je possède une séquence qui ne trouve d'homologues que dans un blast contre env.
Or lors de la correction 1, vous avez à juste titre demandé qu'est-ce que cela pouvait bien signifier ?
En effet, j'ai beau retourner le problème sous plusieurs angles, l'abondance d'homologues de ma séquence dans
l'environnement m'indique que :
1) De nombreux procéssus de métagénomique n'ont pas de suivit humain suite à l'annotation automatique. Et donc,
ne possèdent pas d'informations vérifiées.
2) Peuvent renseigner uniquement sur le lieux de séquencage, et donc permet de recouper géographiquement
les séquences homologues.
Mais je suis conscient que ce n'est pas la réponse attendue :). Alors je préfère m'en remettre à vos lanternes.
Cordialement,
Original. |
Hingamp_BC07
30 Nov 2007 21:09
Game master |
La règle est effectivement que les séquences dans ENV ne sont pas annotées, donc ce BLAST ne vous renseigne pas sur la fonction putative.
La correlation géographique est une très bonne idée, même si elle est difficile à mettre en oeuvre car les fiches ne donnent pas toujours spécifiquement les coordonnées du prélèvement.
La présence d'homologues dans ENV produisant un alignement multiple convainquant et un arbre où votre ORF se niche bien au sein d'une branche suggère que votre ORF n'est pas un ORFan mais plutôt est un membre d'une famille de protéines abondantes dans la nature mais qui restent à étudier?
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